Pušaro petroglifai prie Palatoa upės rodo teritoriją buvus apgyvendintą prieš kelis tūkstančius metų. Vėliau sudarė rytinę Inkų imperijos ribą (Antisujus). Kolonijiniais laikais Madre de Diose europiečiai lankėsi retai, tik 1861 m. generolas Faustino Maldonado ištyrinėjo visą kraštą. Vėliau čia pradėjo keliauti kaučiuko rinkėjai, aukso ieškotojai, misionieriai. Madre de Dioso departamentas sudarytas 1912 m.
Geografija
Madre de Dioso departamentas įsikūręs daugiausia Amazonės žemumoje, apaugusioje džiunglėmis ir tankiai išvagotoje upių. Paviršius aukštesnis vakaruose, kur iškyla iki 540 m (Señor de los Milagros k.).
Klimatas ekvatorinis, karštas ir drėgnas. Vidutinė oro temperatūra per metus laikosi ~26 °C, bet vyraujant pietų vėjams kartais gali nukristi net iki 8 °C. Per metus iškrenta ~1300 mm kritulių, aukštas vidutinis oro drėgnumas.
Verčiamasi naftos gavyba, rasta gamtinių dujų telkinių, kertami miškai, plaunamas auksas. Taip pat verčiamasi gyvulininkyste, auginami manijokai, ryžiai, kavamedžiai, hevėjos, kukurūzai, kokospalmės, bananai ir kiti vaisiai. Yra naftos perdirbimo, maisto, chemijos pramonės įmonių. Vystomas turizmas.
Gyventojai
Madre de Dioso departamentas gyvenamas labai retai. Dauguma gyventojų susitelkę prie didžiųjų upių. Be metisų ir baltųjų, departamente gyvena daug indėnų, dalis jų tebesilaiko labai izoliuotai. Svarbesnės indėnų tautos: amahuakai, amarakaeriai, lygumų kečujai, pirai, šipibai-konibai, jaminavai, mačigengai.
Administracinis skirstymas
Madre de Dioso departamentas administraciškai padalintas į 3 provincijas (skliaustuose – administracinis centras).