이병근은 1996 시즌을 앞두고 K리그의 신생 팀 수원 삼성 블루윙즈에 입단했다. 데뷔 시즌인 1996 시즌에 30경기에 나서 1도움을 기록했다. 1997년 3월 22일 열린 부천 SK와의 리그컵 경기에서 프로 데뷔 골을 기록했다. 1997년 8월 9일 안양 LG 치타스와의 경기에서 K리그 첫 골을 기록했다.
2006년 여름 이적 시장에서 이병근은 대구 FC로 이적했다.[1] 2006년 9월 12일에 열린 수원 삼성 블루윙즈와의 경기에서 대구 입단 후 첫 골을 터뜨렸다. 2006 시즌 대구에서 10경기 출전 2골 1도움을 기록했다.
2020 시즌을 앞두고 안드레 감독이 갑작스럽게 사임하자, 대구 FC의 감독 대행을 맡아 2020 시즌을 이끌게 되었다.[6] 2020년 6월 7일에 열린 성남 FC와의 경기에서 2-1 승리를 거두면서 대구에서의 첫 승을 거두었고, 2시즌 연속으로 팀을 K리그1 파이널 A로 진출시킨 공로를 인정받아 2020 시즌 후 대구 FC의 정식 감독으로 승격됐다.[7]
2021년에는 대구 FC를 상위권으로 이끌었으나, 시즌을 마감한 후 대구 FC와 계약이 만료되자 재계약하지 않고 알렉산드레 가마에게 감독직을 넘겼다.
2022년에는 잠시 야인으로 있다가, 2022 시즌 초 성적 부진으로 사임한 박건하의 후임으로 친정 팀 수원 삼성 블루윙즈의 감독직을 넘겨받으며 자리를 옮겼다. 그러나 부임한 후에도 시즌 막판 중요한 경기에서 약한 모습을 보이며 승강 플레이오프로 떨어졌고, FC 안양과 맞붙은 승강 플레이오프에서 2차전 연장전까지 간 끝에 오현규의 라스트 미닛 골로 승리하며 가까스로 K리그1에 잔류했다.
2023년 들어 K리그1에서는 시즌 초반 7경기에서 승리하지 못한 채 2무 5패에 그쳐 최하위권으로 떨어졌고, 수원 삼성 블루윙즈 팬들의 반발을 불러왔다. 결국 성적 부진으로 슈퍼매치를 앞둔 2023년4월 17일수원 삼성 블루윙즈의 감독직에서 경질되었다. 최성용 수석코치가 감독 대행[8]을 맡아 4경기를 치렀고, 후임 감독으로는 김병수가 선임됐다.