3월 26일대구 FC와의 홈개막전서 18000명 이상의 관중이 들어서면서 역대 K리그 챌린지 최다 관중 기록을 갱신하였다.
하지만 경기에서 대전은 선수 개개인의 기량은 좋았음에도 팀 내 조직력이 맞지 않는 모습을 보였고, 전반 막판 서동현이 패널티킥을 실축하는 등의 무기력한 모습을 보이며 2 : 0으로 허무하게 패했다.
[25]
4월 2일잠실올림픽주경기장에서 열린 서울 이랜드와의 역사적인 첫 맞대결에서도 홈개막전 때와 마찬가지로 불필요한 패스 위주의 답답한 공격력을 보이며 2 : 0으로 허무하게 패했다.[26]
4월 9일안산 무궁화 FC와의 홈경기에서도 역시 패스위주의 공격축구를 펼쳤고, 박재우가 패스미스로 실점의 빌미를 제공하며 1 : 0으로 허무하게 패했다.[27]
4월 17일부천 FC 1995와의 원정경기서 전반 초반 적극적인 공격을 시도했으며, 김동찬이 선제골을 성공시키며 2016시즌 대전의 첫골을 기록함과 동시에 지난시즌 맹활약했던 황인범이 부상에서 복귀해 출전하는 등 선전하는 듯 했지만, 수비 불안과 더불어 골키퍼 이범수의 실책 등으로 내리 3골을 헌납하며 1 : 3으로 역전패하며, 부천을 상대로 역사상 첫 패배를 기록하였다.[28]
최문식 감독은 부천전 패배후 인터뷰를 통해 4연패에 대한 책임을 지겠음을 밝히며 사퇴를 암시하였고,[29] 대전구단이 후임감독을 물색하고 있다는 보도가 전해지자, 윤정섭 대표이사는 후임감독 물색을 일축하였으며,[30] 최문식 감독을 재신임 할 것을 밝혔다.[31]
5월 1일고양 자이크로 FC와의 원정경기서 김동찬이 선취득점을 기록하며 리그 3경기 연속골을 기록했고, 김동찬의 골을 잘지킨 대전은 1 : 0으로 승리하며 3연승을 기록했다.[35]
5월 5일FC 안양과의 원정 경기서 패널티킥으로 김동찬이 선취득점에 성공하며 4경기 연속골을 성공시켰고, 부상에서 돌아온 황인범이 추가골을 성공시키는 등 선전했지만 박주원이 상대 페널티킥 상황서 자책골을 기록하는 등으로 내리 2골을 헌납하며 2 : 2 무승부를 거두며 3연승 행진을 마감한채 시즌 첫 무승부를 기록했다.[36]
5월 8일강원 FC와의 홈경기서 대전은 김동찬이 부상으로 결장하였으며, 부상에서 돌아온 황인범과 서동현등이 여러차례 강원의 골문을 위협하는 등 선전했으나 좀처럼 득점찬스를 살리지 못했으며, 최진호에게 한골 헌납하며 1 : 0 패해 4경기 연속 무패행진을 마감하였다.[37]
5월 11일수원 FC와의 FA컵 32강 경기서 이승렬과 완델손이 각각 1골 씩 기록하며 팽팽히 맞섰고, 연장전에서 황재훈과 김병석 각각 1명 씩 퇴장당하는 거친 혈투끝에도 1 : 1로 경기가 마무리되어 승부차기가 이어졌으며, 박주원의 잇따른 선방으로 대전이 3 : 1로 승리를 거두며 16강 진출을 확정지었다.[38]
5월 14일경남 FC와의 홈경기서 완델손이 경기 시작 1분만에 선제골을 기록하였고, 조예찬이 전반 9분 추가골을 성공시키며 데뷔골을 기록한데 이어 김동찬이 쐐기골을 기록하며 대전이 3 : 1로 승리하며 시즌 2연승을 기록했고, 김동찬은 시즌 5호골로 심영성을 따돌리고 K리그 챌린지 득점선두로 등극했다.[39]
5월 21일충주 험멜과의 원정경기서 김동찬이 페널티킥을 성공시키며 시즌 6골을 기록하며 단독 득점 선두를 달렸으나, 곧바로 김신에게 동점골을 헌납하였고, 공격과 수비에서 답답한 플레이를 보이며 1 : 1 무승부를 거두었다.[40]
5월 25일서울 이랜드와의 첫 홈맞대결에서 전반 시작과 동시에 황인범의 패스를 받은 박대훈이 골키퍼를 제치고 선제골을 기록하며 프로 데뷔이후 리그 데뷔골을 기록하였고, 후반 34분에 김동찬이 페널티킥을 성공시키며 리그 7경기 연속골을 기록하며 주민규가 세운 K리그 챌린지 최다 연속골 기록과 타이를 이룰뿐더러 대전 구단 역사상 최다 연속골 기록을 세우는 등의 활약을 앞세워 오창현이 퇴장당하는 수적 열세 속에 2 : 1로 승리했다.[41][42]
5월 28일부산 아이파크와의 원정경기를 앞두고 김동찬의 8경기 연속골 여부에 관심이 쏠렸지만, 지루한 경기를 펼치며 0 : 0 무승부를 기록했고, 5경기 연속 무패행진을 달렸다.[43]
6월 1일강원 FC와의 원정경기서 대전은 최종수비진의 주축인 장클로드와 실바가 모두 경고누적으로 결장하는 상황 속에 고전하며 0:1로 패하며 강원을 상대로 2연패를 기록했다.[44]
6월 4일고양 자이크로 FC와의 홈경기서 대전은 고양의 골키퍼 강진웅의 연이은 슈퍼세이브에 고전하는 모습을 보였고 경기 주도권을 내주지 않았음에도 득점을 성공시키지 못한채 0 : 0 무승부를 거두었으며 고양전 무패행진을 이어갔다.[45]
6월 8일FC 안양과의 홈경기서 대전은 김선민의 선제골과 더불어 안양의 선수 한명이 퇴장당하며 수적 우위에 놓이는 등 선전하는 듯 했으나 후반 막판 수비진의 체력과 집중력 저하의 한계를 드러내며 동점골을 헌납하며 1 : 1 무승부를 거두며 4경기 연속 무승을 기록했다.[46]
6월 11일경남 FC와의 홈경기서 대전은 전반 초반 경남에 3골을 허용하며 경남에게 3 : 0 리드를 당하며 불안한 모습을 보였지만, 전반 막판 김선민과 장클로드의 연속골로 득실차를 늘렸으며, 후반 시작과 동시에 완델손이 멀티골을 기록하며 기적과도 같은 대역전극을 펼쳤으나, 골키퍼 이범수의 치명적인 실수로 동점골을 헌납하며 4 : 4 무승부를 거두었다.[47][48]
6월 18일충주 험멜과의 홈경기서 대전은 경기초반부터 상대를 거칠게 몰아붙였으며, 완델손의 선제골을 시작으로 구스타보가 두번째 골을 성공시키며 K리그 데뷔골을 기록했으며, 후반전에 서동현이 쐐기골을 기록하며 대전 입단 후 첫골을 기록하는 등의 활약을 앞세워 3 : 1로 승리하며 5경기 연속 무승의 늪에서 탈출하였다.[49]
6월 22일인천 유나이티드와의 FA컵 16강 원정 경기서 대전은 대전 출신 선수인 김대중과 케빈에게 두골을 내리 헌납하며 2 : 0으로 끌려갔지만, 서동현의 만회골과 더불어 케빈의 퇴장으로 수적 우세에 놓였으며, 경기종료 직전 완델손의 극적인 동점골로 승부를 연장전으로 이어갔지만, 골키퍼 박주원의 실수로 김도혁에게 추가골을 허용해 3 : 2로 패해 통산 두번째 FA컵 우승을 다음으로 미루게 되었다.[50]
6월 29일부천 FC 1995와의 홈경기서 대전은 후반들어 김동찬의 선제골을 시작으로 구스타보의 쐐기골로 2:0 승리를 거두며 5위로 순위가 상승했다.[53] 하지만 부천은 초반부터 과격한 플레이를 보였고 후반 막판 바그닝요가 박주원에게 제지당하는 과정에서 바그닝요가 박주원의 얼굴을 밟았고, 이에 김병석이 흥분한 나머지 바그닝요를 밀치며 집단 난투극으로 이어졌고, 김병석과 바그닝요는 퇴장당하였다.[54]
7월 9일대구 FC와의 원정 경기서 대전은 대구한테 다소 밀리는 모습을 보였으며, 후반 초반 선제골을 기록했지만 곧바로 실점했고, 실바가 퇴장당하며 수적 열세에 놓였고, 후반 추가시간 역전골을 내주며 2:1 패했다. 한편 이날 경기가 마지막이였던 완델손은 골을 기록하며 유종의 미를 거두었고, 실바 역시 이날 경기서 퇴장당하며 이날 경기가 마지막 경기가 되었다.[56]
여름 이적시장
완델손과 실바가 7월 중순으로 대전과의 계약기간이 만료되지만 대전 시의회에서 대전의 추경 예산을 반토막내면서 끝내 재계약이 무산되며 두명 다 대전을 떠났다.[57][58]
8월 1일경남 FC와의 홈경기서 대전은 진대성의 선제골을 시작으로 구스타보의 추가골과 김동찬의 리그 10호골을 앞세워 경남의 3 : 1로 제압하였다.[69] 한편 이날 경기서 진대성은 1골 1어시스트를 기록하며 이날 경기 MOM에 선정되었다.[70][71]
8월 11일충주 험멜과의 원정 경기서 대전은 김해식의 데뷔골과 김동찬의 1골 1어시스트의 활약을 앞세워 2 : 1 승리를 거두며 시즌 두번째 원정경기 승리를 거두었다.[72]
8월 14일강원 FC와의 홈경기서 대전 전반 15분 이한샘이 송유걸에게 한 패스를 김동찬이 가로채 쇄도한 황인범에 패스해 황인범이 이를 골로 연결시키며 1 : 0으로 달아났고, 이후 김동찬이 페널티킥을 실축하는 등 수차례 위기가 있었지만, 위기의 순간마다 골키퍼 박주원이 슈퍼세이브로 선방해내며 1 : 0 승리를 지켜내며 리그 3연승을 질주했다.[73]
8월 17일부천 FC 1995와의 원정 경기서 대전은 부천과 팽팽히 맞섰으나 후반 막판 페널티킥으로 바그닝요에게 선제골을 허용하면서 흔들렸고 후반 추가시간 신현준에게 추가골을 허용하며 2 : 0으로 패해 리그 4위 진입에 실패했다.[74]
8월 22일고양 자이크로 FC와의 원정 경기서 대전은 김동찬의 멀티골로 앞서 갔으나, 후반 들어 오창현의 퇴장으로 수적 열세에 놓이고, 고양의 인준연에게 만회골을 허용하는 등 고전했으나, 2 : 1로 승리했다.[75]
8월 28일안산 무궁화 FC와의 홈경기서 대전은 전반전에만 김동찬, 구스타보, 황인범, 진대성의 골로 4 : 0으로 앞섰으며, 비록 구스타보가 페널티킥을 한번 실축하긴 했지만 후반에도 골을 성공시키며 멀티골 기록하며 5 : 0 완승을 거두었다.[76]
대전이 제 1회 옌볜국제축구대회에 초청되며 옌볜 푸더와 대략 1년만에 다시 평가전을 치르게 되었다.[77]
9월 2일중국연길인민경기장에서 펼쳐진 옌볜 푸더와의 친선경기서 대전은 변정석의 멀티골을 앞세워 2 : 2 무승부를 거두었으며, 승부차기 접전 끝에 3 : 4, 통합 5 : 6으로 승리를 거두었다.[78]
9월 7일대구 FC와의 홈경기서 대전은 전반에 페널티킥 기회를 얻어내 김동찬이 페널티킥을 성공시켜 앞서갔고, 골키퍼 박주원이 슈퍼세이브를 연달아 기록하는 등의 경기를 주도했으나, 후반 30분 상대에게 페널티킥을 내주며 1 : 1로 비겼다. 이날 경기 무승부로 대전은 홈 11경기 연속 무패를 기록, 2014년 세운 한 시즌 홈 최다 무패기록과 타이를 이루었다.[79]
9월 11일부산 아이파크와의 원정경기서 대전은 공격라인을 내리는 수비 위주의 플레이로 안정적인 플레이를 시도했지만 전반동안 단 한번의 슈팅을 기록하는 등 고전하였고, 무기력한 모습을 보이며 내리 3골을 허용라며 3 : 0 패했다.[80]
9월 19일부천 FC 1995와의 홈경기서 대전은 부천의 압박에 밀리며 고전하였고,주전 선수들의 대거 빠진 한계를 극복하지 못한채 0 : 0으로 비겼다. 이날 경기 무승부로 대전은 홈 12경기 무패를 기록, 한시즌 홈 최다 무패를 기록하였다.[81]
9월 25일FC 안양과의 홈경기서 대전은 전반에만 3골을 성공시키며 막강화력을 과시하였고, 비록 후반에 2골을 헌납하긴 했지만 3 : 2로 승리하였다.[82]
9월 28일안산 무궁화 FC와의 원정경기서 대전은 김동찬에 집중된 롱볼 위주의 플레이를 보이며 안산에 밀리는 모습을 보였고, 끝내 1 : 0으로 패했다.[83]
10월 15일강원 FC와의 원정 경기서 대전은 후반들어 루이스에게 선제골을 내주며 끌려다녔지만, 후반 추가시간 구스타보와 박대훈의 극적인 극장골로 2 : 1 짜릿한 역전승을 거두었다.[88]
10월 19일 플레이오프 진출의 마지노선인 5위 부산 아이파크가 강원 FC를 상대로 승리를 거두며 대전과의 승점차가 벌어지면서 대전은 승강플레이오프 진출이 좌절되었다.[89]
10월 23일충주 험멜과의 홈마지막 경기서 대전은 전반 시작과 동시에 충주의 김상필에게 선제골을 실점했으나, 곧바로 페널티킥을 얻은 후 김동찬이 성공시키며 승부를 원점을 돌렸고, 주심의 어이없는 오심 속에 구스타보, 김동곤, 박대훈이 부상으로 전반에만 교체카드 3장을 모두 쓰는 악재 속에 후반 막판 들어 장백규에게 추가골을 실점했으나, 경기 막판 김선민의 극장골로 2 : 2 무승부를 거두었다.[90]
플레이오프 진입에 실패하자 윤정섭 사장이 사의를 표명했고, 10월 29일최문식이 성적부진과 승강플레이오프 진출실패의 책임을 지고 대구와의 리그 마지막 경기를 끝으로 사임을 선언하였다.[91]
10월 30일대구 FC와의 리그 마지막 경기서 대전은 슈팅 한번 제대로 때려보지 못하는 등의 대구에 밀리는 모습을 보였고, 결국 세징야에게 골을 허용하며 1 : 0으로 패한 채로 시즌을 마무리하였다.[92]