호칭은 아버지 고곤 천황(일본어: 光厳天皇)을 따라서 지어진 것으로, 비한자문화권에서는 고곤 2세로도 불린다. 휘(諱)는 이야히토(弥仁)다.
고코곤 천황은 고곤 천황의 차남이자 고묘 천황의 조카이자 스코 천황의 동생이며, 어머니는 산죠 구니히데(三条公秀)의 딸 히데코(秀子)였다.
생애
1352년아시카가 다카우지는 남조에 화의를 청했고 이로 인해 둘로 나뉘었던 황통은 잠시 남조 쪽으로 통일되었다. 그러나 이듬해인 1352년 남조가 교토로 진격하면서 평화는 깨졌다. 남조는 북조의 공격을 맡아 교토에서 퇴각하면서 천황 자리에서 물러난 북조의 고곤 천황, 고묘 천황뿐만 아니라 스코 천황과 황태자 그리고 황자 나오히토(고곤 천황의 아들)까지 교토에서 요시노로 이송하였다. 이는 교토에서 천황으로 즉위할 만한 인물을 없애기 위해서였다.
천황이 사라지자 교토의 공무는 마비되었고 이야히토는 아시카가 요시아키라 등의 추대로 고코곤 천황으로 즉위했다. 그러나 남조의 빈번한 교토 점령으로 고코곤 천황도 몇 번이나 오미 등으로 도피해야 했다.
1370년 고코곤 천황은 아들 오미토 친왕에게 양위하겠다는 의사를 막부 측에 전달했고 이 과정에서 형 스코 천황이 자신의 아들인 요시히토 친왕을 황태자로 세우고 싶어해 갈등이 빚어졌으나 막부는 고코곤 천황의 손을 들어주었다. 고코곤 천황은 이듬해 양위하였고 1374년 병으로 죽었다.
