アメリカ合衆国探検遠征隊(アメリカがっしゅうこくたんけんえんせいたい、英: United States Exploring Expedition)は、1838年から1842年にアメリカ合衆国が敢行した太平洋とその周辺の陸地を探検し測量した遠征隊である。当初隊長に指名されたのはトマス・アップ・ケイツビー・ジョーンズ海軍代将だった。この航海は1836年にアメリカ合衆国議会によって承認された。二人目に隊長に指名されたアメリカ海軍大尉チャールズ・ウィルクスに因み、ウィルクス探検隊と呼ばれることがある。この遠征はアメリカ合衆国の科学、とくにまだ若い分野だった海洋学にとって、非常に重要な成果を生んだ。太平洋のこのような遠征隊に慣れていなかった島人との間に紛争が生じ、数十名の原住民と共に数人のアメリカ人も殺されることになった。
海軍の乗組員から嘲笑的に「ザリガニ掘り」や「虫収集家」と呼ばれた科学者達の援助で、大半は太平洋の280の島が探検され、オレゴン州の800マイル (1,280 m) 以上が地図になった。6万種の植物と鳥の標本が集められたことも同じくらい重要である。648種の種など、膨大な量のデータと標本が遠征中に集められ、国中に送られ、植えられた。乾燥した標本はスミソニアン博物館の一部になっているナショナル・ハーバリウム(標本室)に送られた。旅の帰り道で採集された生きている植物254種もあり、1850年に新しく建設された温室に植えられ、それが後にアメリカ合衆国植物園になった。
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