茎の高さは50-90[9]cmで直立し枝分かれし[6]、断面は4稜条があり[7]四角形[9]。根生葉は、大きな長楕円形で長い葉柄と平行する数脈があり、花期には枯れる[6][7]。茎葉は卵状楕円形(卵形または披針形[7])、長さ5-12 cm[7]、基部はくさび形で[7]先端が尖る[6]。葉の脇から分枝して[10]、長さ1-5 cmの花柄がある白色(黄白色)の花を集散状円錐花序にまばらに付ける[7]。花冠は深く4-5裂し基部で合着していて離弁花のように見える[9]。裂片には直径1.5 mmの黄緑色の蜜腺溝が2個あり、縁にはセンブリのような毛はない[7]。また裂片には濃緑色の斑点が多数ある[6]。開花時期は9-10月[6]。萼も4-5深裂し、裂片は広倒披針形で花冠裂片より短い[7]。果実は蒴果で花冠より少し長く裂開し[9]、黒褐色で長さ約1 mmの表面に細かい粒状突起がある種子を出す[7]。発芽後1年目はロゼットのまま過ごす。稀に花冠に斑点がない品種として、ホシナシアケボノソウ(フナシアケボノソウ、学名:Swertia bimaculata (Siebold et Zucc.) Hook.f. et Thomson ex C.B.Clarke f. impunctata (Makino) Satake[3])がある[7]。