All'interno del complesso religioso vi sono due chiostri e l'ex refettorio (ora aula magna) con un grande affresco di Bernardino Poccetti raffigurante la Cena di Gesù dopo il digiuno nel deserto.
Al pian terreno il corridoio maggiore è coperto da volta e risale all'epoca del Silvani, come anche le sale a questo piano, il refettorio, le celle dei religiosi e i due chiostri.
Il chiostro più grande, di San Bernardo, deve il suo nome alla statua di San Bernardo di Chiaravalle che calpesta il demonio di Giuseppe Piamontini (1702), posta al centro; è di forma rettangolare con cinque arcate a tutto sesto sui lati corti e sei su quelli lunghi, poggianti su colonne con capitelli ionici. Sui peducci sono inseriti stemmi degli abati, presenti anche nel refettorio. Al di sopra della cornice marcapiano, una serie di finestre architravate si affaccia sul chiostro.
Interno della cappella maggiore
Il secondo chiostro, con al centro la statua di Santa Maria Maddalena de' Pazzi di Antonio Montauti (1726), presenta pure il portico su quattro lati, con cinque arcate per lato, colonne doriche e volte a crociera. Tra gli affreschi che decorano le pareti del portico, uno proviene da un antico tabernacolo sul ponte alla Carraia.
Tra i due chiostri, al pianterreno, si sviluppa la cappella maggiore; questa è a navata unica, coperta con volta a botte lunettata e illuminata da finestre rettangolari che si aprono lungo la parete di sinistra. L'aula è separata dal presbiterio tramite una serliana in pietra serena, poggiante su pilastri quadrangolari; la parete di fondo ospita un crocifisso ligneo scolpito e, entro una nicchia, l'organo a canneMascioniopus 843.[2] Al di sotto della cappella maggiore vi è la cripta, ove trovano luogo il pozzo e il lavatoio usati da santa Maria Maddelena de' Pazzi, la cui cella, situata al primo piano, è anch'essa adibita a cappella.
Biblioteca
Dal 1782 è presente una raccolta libraria storica con 20.000 edizioni a stampa provenienti da tutta Europa e costitutive di una vera e propria biblioteca universale: tutte le discipline, sia umanistiche sia scientifiche e ovviamente teologiche, vi sono rappresentate. Nella biblioteca sono conservati il celebre Codice Rustici (1448) e altri 34 codici medievali.
Galleria d'immagini
Facciata su borgo San Frediano
Chiostro di Santa Maria Maddalena de' Pazzi
Chiostro di San Bernardo
L'aula magna con l'affresco di Bernardino Poccetti
^Elenco Nuovi, su mascioni-organs.com. URL consultato il 12 settembre 2015 (archiviato il 22 agosto 2015).
Bibliografia
Osanna Fantozzi Micali e Piero Roselli, Le soppressioni dei conventi a Firenze. Riuso e trasformazioni dal sec. XVIII in poi, Firenze, Libreria Editrice Fiorentina, 1980, ISBN non esistente.
Mariella Zoppi e Cristina Donati, Guida ai chiostri e ai cortili di Firenze, Firenze, Alinea, 1997, ISBN9788881251803.
Emilio Sanesi, Il seminario fiorentino nel diario del suo fondatore e nelle memorie dei suoi rettori, Firenze, Pagnini, 2010, ISBN9788882513375.
Claudio Paolini, Seminario Arcivescovile, su Repertorio delle architetture civili di Firenze di Palazzo Spinelli, 4 aprile 2021. URL consultato il 29 gennaio 2023.
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