Nel 1965 scrisse per il teatro Come gocce su pietre roventi (Tropfen auf heiße Steine), la sua prima drammaturgia, che sarà, però, rappresentata solo postuma. Benché centrata sulla sfera privata, l'opera possiede già un taglio sociale. La relazione sessuale in una coppia è rappresentata con gli schemi violenti dei rapporti di produzione economica, in quanto legata allo sfruttamento e al potere. Nel 1966 frequentò lezioni di arte drammatica al Friedl-Leonhard-Studio a Monaco e conobbe Hanna Schygulla, incontro che darà una svolta alla sua vita, Peer Raben e Kurt Raab.
Nel 1967 entrò a far parte del gruppo dell'Action-Theater, sede storica delle avanguardie teatrali bavaresi. Qui lavorò per tre anni come regista attore e sceneggiatore. Dopo alcune interpretazioni, regie di scena e adattamenti, scrisse un dramma, rappresentato nell'aprile 1968, Katzelmacher, la storia di un lavoratore straniero che diventa oggetto di odio razziale da parte di un gruppo di fannulloni bavaresi. Poche settimane dopo, nel maggio 1968, l'Action-Theater venne chiuso, in seguito ad una serie di dissidi interni tra Fassbinder ed i fondatori dello storico gruppo.
Dopo il fallimento dell'Action-Theater, Fassbinder fondò un nuovo gruppo, l'Antiteater, con il quale mise in scena un nuovo dramma, Il soldato americano. Intorno all'Antiteater si unì un vasto numero di giovani attori e collaboratori, quali Peer Raben, Harry Baer, Kurt Raab, Hanna Schygulla e Irm Hermann. Con l'Antiteater, Fassbinder perfezionò la sua scrittura drammaturgica, nonché le tecniche di regia. Fu un periodo molto prolifico. In diciotto mesi diresse dodici opere teatrali, quattro delle quali scritte da lui stesso. Lo stile delle sue regie teatrali ricorda fortemente quello dei suoi primi film, un misto di movimento coreografato e pose statiche, prendendo spunto non dalla tradizione del teatro classico, ma piuttosto da musical, cabaret, cinema e dal movimento di protesta studentesco. Dopo la realizzazione del primo lungometraggio nel 1969, Fassbinder puntò tutti i suoi sforzi sul cinema, ma manterrà comunque sempre un interesse vivo per il teatro fino alla sua morte.
Nel frattempo cominciò a ricevere riconoscimenti ufficiali: il film Il fabbricante di gattini ottenne il premio cinematografico evangelico e il premio FIPRESCI. Il 1970 fu un anno di intenso lavoro: a gennaio iniziò le riprese di Rio das mortes, a febbraio girò per la televisione Il caffè, in aprile realizzò Whity, poi in maggio Il viaggio a Niklashausen, presentato in ottobre alla televisione (ARD). Infine in agosto traspose in film il suo dramma Il soldato americano, e in novembre girò Pionieri a Ingolstadt.
In mezzo a tutto questo fervore creativo, continuò comunque a comparire come attore in film di Reinhard Hauff e Volker Schlöndorff. Nel 1971 partecipò alla fondazione della Filmverlag der Autoren, che distribuirà gran parte delle sue opere successive. Proseguì anche la sua produzione teatrale, e nel mese di giugno, a Francoforte sul Meno, venne presentato in teatro Petra von Kant. In agosto fondò una propria società di produzione, la Tango Film, inaugurandola con la realizzazione de Il mercante delle quattro stagioni. Sempre in agosto sposò l'attrice dell'Antiteater Ingrid Caven, da cui divorzierà nel 1973.
Nel 1977 girò in marzo Donne a New York, tra aprile e giugno Despair (il suo primo film con cast internazionale e girato in lingua inglese). Nell'ottobre partecipò alla realizzazione del film collettivo Germania in autunno, presentato in anteprima al Festival di Berlino dell'anno successivo. Tra gennaio e marzo dell'anno successivo girò il suo film più celebrato, Il matrimonio di Maria Braun, in cui ritrovò dopo un intervallo di sei anni la sua protagonista preferita, Hanna Schygulla. Tra luglio e agosto tornò ancora dietro la macchina da presa per dirigere Un anno con tredici lune, mentre a dicembre iniziò la lavorazione di La terza generazione.
Nel maggio 1982 partecipò come "intervistato" al documentario Chambre 666, diretto da Wim Wenders, una serie di illuminanti dichiarazioni di prestigiosi registi, tra cui anche Antonioni, Herzog, Godard e Spielberg, sul tema "Dove andrà a finire il cinema?". Sarà l'ultima testimonianza artistica di Rainer Werner Fassbinder, che un mese dopo, il 10 giugno, morì per overdose da cocaina esacerbata da sonniferi nella sua casa di Monaco, a soli 37 anni. Il 14 giugno la televisione tedesca lo commemorò trasmettendo alcuni suoi film. I funerali si svolsero il 16 giugno a Monaco-Perlach e la sua tomba si trova al cimitero di Bogenhausen a Monaco.
Teodoro Scamardi, Teatro della quotidianità in Germania. Dagli psicogrammi sociali di M. Fleisser all'Antitheater di R. W. Fassbinder, Dedalo 1987, ISBN 88-220-6063-6
E. Magrelli, G. Spagnoletti (a cura di), Tutti i film di Fassbinder, Ubulibri 1989, ISBN 88-7748-086-6
Davide Ferrario, Rainer Werner Fassbinder, Il Castoro Cinema n. 102, Editrice Il Castoro, 2008, ISBN 9788880334538
Paolo Vernaglione, Rainer Werner Fassbinder, Gremese Editore 1999 ISBN 88-7742-329-3
Alfonso Amendola, Il caso RWF: arrivare al cinema attraverso il teatro, Liguori 2006, ISBN 88-207-3946-1
Simona Almerini, Fassbinder e l'estetica masochista, Edizioni Il Foglio 2013, ISBN 9788876064258
Ian Penman, Fassbinder. Migliaia di specchi, Edizioni di Atlantide 2023, ISBN 9788899591687
Articoli
Muhm Myriam, Perché solo ora parlano male di Rainer Werner?, in La Repubblica, 20.10.1983
Muhm Myriam, Con lui scompare la coscienza “sporca” della nuova Germania, in La Repubblica, 16.6.1982
Muhm Myriam, L'angelo del male, a Brest (sul film "Querelle" di Fassbinder), in La Repubblica, 26.8.1982
Muhm Myriam, Credo in un solo individuo perennemente incerto e protagonista della Storia (intervista con Fassbinder sul film Berlin Alexanderplatz), in La Repubblica, 13.09.1980