Dalla Prem'er-Liga 2002 erano stati retrocessi l'Anži e il Sokol Saratov, mentre dalla Pervyj divizion 2002 erano stati promossi il Rubin e il Černomorec Novorossijsk. Prima dell'inizio della stagione l'Alanija tornò alla denominazione Spartak-Alanija Vladikavkaz[1]. La Torpedo-ZIL cambiò denominazione in Torpedo-Metallurg dopo che la società venne acquistata dalla società metallurgica Norilsk Nickel[1]. Il Rostsel'maš cambiò denominazione in Rostov dopo che la Rostsel'maš, società di impianti di ingegneria agricola, cessò la sua sponsorizzazione al club[1].
Formula
Le sedici squadre partecipanti si sono affrontate in un girone all'italiana con partite di andata e ritorno per un totale di 30 giornate. La prima classificata al termine della stagione regolare era designata campione di Russia e ammessa al secondo turno di qualificazione della UEFA Champions League 2004-2005. Le squadre seconda e terza classificate venivano ammessa in Coppa UEFA 2004-2005, assieme alla vincitrice della Coppa di Russia. Ulteriori due posti vennero assegnati per la partecipazione alla Coppa Intertoto 2004. Le ultime due classificate erano retrocesse in Pervyj divizion.
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