La Hrvatski nogometni kup 2003./04. (coppa croata di calcio 2003-04) fu la tredicesima edizione della coppa nazionale croata, fu organizzata dalla Federazione calcistica della Croazia e fu disputata dal settembre 2003 al maggio 2004.
Il detentore era l'Hajduk Spalato, che in questa edizione fu eliminato ai quarti di finale. L'Hajduk si rifece vincendo il campionato.
Alla competizione parteciparono le migliori squadre delle divisioni superiori, con la formula dell'eliminazione diretta. I primi turni erano a gara singola, mentre quarti, semifinali e finale erano ad andata e ritorno.
Al turno preliminare accedono le squadre provenienti dalle Županijski kupovi (le coppe regionali): le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col maggior numero di partecipanti.
Le prime 16 squadre del ranking quinquennale di coppa (63 punti alla vincitrice della coppa, 31 alla finalista, 15 alle semifinaliste, 7 a quelle che hanno raggiunto i quarti, 3 a quelle eliminate agli ottavi, 1 se eliminate ai sedicesimi) sono ammesse di diritto ai sedicesimi di finale.
Ammesse di diritto ai sedicesimi di finale
Le prime 16 squadre (coi punti) del ranking 1997-2002 entrano di diritto nei sedicesimi della Coppa 2003-04:
Le Županijski kupovi (le coppe regionali) 2002-2003[2] hanno qualificato le 32 squadre (segnate in giallo) che partecipano al turno preliminare della Coppa di Croazia 2003-04. Si qualificano le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col più alto numero di partecipanti.