La Azərbaycan Kuboku 2003-2004 è stata la 12ª edizione della coppa nazionale azera, disputata tra il 20 settembre 2003 con gli incontri del turno preliminare e il 9 maggio 2004 e conclusa con la vittoria del Neftchi Baku PFC, al suo quarto titolo.
Gli incontri di andata si disputarono il 18 e 19 ottobre mentre quelli di ritorno l'1 e 2 novembre 2003.
Gli incontri di andata si disputarono il 17 mentre quelli di ritorno il 23 marzo 2004.
Gli incontri di andata si disputarono il 14 mentre quelli di ritorno il 22 aprile 2004.
La finale venne disputata il 9 maggio 2004 a Baku. Il Nefchi vinse 1-0 ai tempi supplementari dopo che l'incontro terminò in parità al novantesimo minuto.