Nato a Potsdam, partecipò alla prima guerra mondiale[3] distinguendosi in varie azioni e venendo decorato con la Croce di Ferro di prima classe. Al termine del conflitto si iscrisse alla facoltà di architettura, esercitando la professione dal 1924 al 1931, ma in seguito alla crisi economica degli anni '20e la perdita del lavoro[3], entrò a far parte del Partito nazista e delle SS.[3]
Venne destituito dal suo comando il 13 gennaio 1942. Dal luglio 1942 al 1944 venne impegnato nella Sonderaktion 1005,[6] ossia nell'eliminare tutte le tracce dei crimini di massa commessi dai tedeschi in Russia, però più fosse comuni furono tralasciate per mancanza di tempo.
Circa 59.018 esecuzioni vennero attribuite a Blobel dal tribunale militare di Norimberga nel processo agli Einsatzgruppen nel 1947.[7] Blobel rilascerà, il 18 giugno 1947, anche un affidavit in cui parla dei suoi crimini e dell'ordine ricevuto di far sparire tutte le prove, terminando con la dichiarazione che recita «ho fatto questa disposizione di mia spontanea volontà, senza alcun tipo di promessa di ricompensa, e non sono stato sottoposto ad alcuna forma di costrizione o minaccia»[8].
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