Dopo aver militato nella squadra locale dello Yeelen Olympique, 31 gennaio 2017 passa in prestito allo Standard Liegi[3], che al termine della stagione lo riscatta.[4] Esordisce in campionato il 27 agosto 2017 in occasione della trasferta persa per 4-0 contro il Club Brugge.[senza fonte]
Il 13 giugno 2019, viene annunciato il trasferimento a titolo definitivo di Djenepo al Southampton, in Premier League, a partire dal 1º luglio seguente.[5]
Il 5 settembre 2023, Djenepo viene nuovamente ingaggiato a titolo definitivo dallo Standard Liegi, con cui firma un contratto triennale.[6][7]
Il 12 luglio 2024 passa in prestito annuale all'Antalyaspor.[8]