Santa Scolastica è uno dei 12 monasteri fondati a Subiaco da san Benedetto da Norcia, il più vicino a quello di San Clemente, dove dimorava lo stesso Benedetto, ed essendo stato fondato attorno all'anno 520 è il più antico d'Italia seguito da quello di Montecassino, e il più antico monastero benedettino al mondo. Fu probabilmente ricavato da edifici appartenenti alla vicina villa di Nerone.
Sorto con il titolo di San Silvestro, aggiunse presto al titolo primitivo quello di San Benedetto e Santa Scolastica (nel Liber pontificalis del pontificato di papa Leone IV è ricordato sotto l'invocazione di questi tre santi), ma dopo il XV secolo venne chiamato solo Santa Scolastica.
Tra il X secolo e il XIII secolo il monastero acquistò grandi beni grazie alle donazioni di sovrani ed ecclesiastici, divenendo uno dei feudi più potenti dello Stato pontificio.