Anche se sosteneva la dottrina della transustanziazione, era un feroce oppositore della Chiesa cattolica e cercò di favorire l'unione tra la Chiesa ortodossa e la Chiesa copta. Nel 1593 partecipò a un sinodo a Costantinopoli che confermò l'istituzione del Patriarcato di Mosca.[1]
Senza dimettersi come patriarca di Alessandria, resse l'ufficio di patriarca ecumenico di Costantinopoli tra il dicembre 1596 e il febbraio 1597, e fu patriarca dalla fine di marzo 1597 fino a marzo/aprile 1598, quando si dimise per continuare a occuparsi solamente del soglio egiziano.[4]
[1]Nel 330 la diocesi di Bisanzio viene elevata ad arcidiocesi di Costantinopoli ·[2]Con il concilio di Calcedonia l'arcidiocesi di Costantinopoli viene elevata a Patriarcato ·[3]Giovanni IV inizia ad utilizzare il titolo ecumenico
^Dopo il Concilio di Calcedonia la comunità dei fedeli si divise in due gruppi: uno con coloro che accettavano le decisioni conciliari e l'altro con coloro che le rifiutavano. Nei decenni successivi al concilio il patriarca fu l'espressione di uno o dell'altro gruppo e questo li portò in alcuni casi a non riconoscere il patriarca dalla diversa visione dottrinale. La concretizzazione dello scisma si ebbe nel 536 quando i due gruppi fondarono i rispettivi patriarcati, non boicottandosi più.
