Nato verso il 180[1], fu prima filosofo pagano, poi, ascoltando le lezioni di Origene nella scuola catechetica di Alessandria, si convertì al cristianesimo col proprio fratello Plutarco. Divenne quindi coadiutore di Origene nell'insegnamento. Quando Origene aprì un livello superiore di istruzione nel Didaskaleion, riservò a Eraclio il livello "di base".
Nel 231 Origene divenne inviso al vescovo Demetrio, che chiamò Eraclio a sostituirlo alla testa della scuola. Dopo pochi mesi Demetrio morì ed Eraclio fu chiamato a sostituirlo. Vescovo di Alessandria, pose allora alla guida della scuola di Alessandria Dionisio, compagno di studi e, come Eraclio stesso, discepolo di Origene. Occupò la cattedra vescovile dal 231 fino alla sua morte, avvenuta nel 247.
^Dopo il Concilio di Calcedonia la comunità dei fedeli si divise in due gruppi: uno con coloro che accettavano le decisioni conciliari e l'altro con coloro che le rifiutavano. Nei decenni successivi al concilio il patriarca fu l'espressione di uno o dell'altro gruppo e questo li portò in alcuni casi a non riconoscere il patriarca dalla diversa visione dottrinale. La concretizzazione dello scisma si ebbe nel 536 quando i due gruppi fondarono i rispettivi patriarcati, non boicottandosi più.