Ricevo dalla S. V. l'invito a prestare giuramento secondo il disposto dell'art. 18 del R. Decreto-Legge 1927 [sic, per: 1227] del 28 agosto 1931; ma debbo con rincrescimento informarLa delle ragioni che mi trattengono dallo aderirvi.
Se, come appare dal contesto dell'articolo citato, con la nuova formula mi si chiede di contrarre impegni di natura prettamente politica, debbo far osservare che questi sono al tutto estranei alla materia esclusivamente tecnica del mio insegnamento: almeno quale ho impartito ormai per lunghi anni e con risultati, che non sta a me valutare, ma di cui la mia coscienza è paga.
Tale era, del resto, il mio stretto dovere di sereno cultore di scienza e di insegnante, dovere che assunsi volonterosamente entrando nella Università dello Stato, e che sarò ben lieto di continuare ad assolvere ancora, se potrò farlo con animo sgombro da ogni preoccupazione e con quella libertà di indirizzo che è necessaria ad ogni attività del pensiero.
Con ogni considerazione Suo Mario Carrara
Grazie alla sua attività di medico delle carceri torinesi, Carrara ebbe modo di conoscere durante gli anni 1920 molti oppositori del fascismo; quando suo cognato Guglielmo Ferrero fu costretto all'esilio, la sua famiglia divenne un punto di contatto tra gli antifascisti torinesi e quelli fuggiti all'estero, avvicinandosi agli ambienti torinesi di Giustizia e Libertà.
Nell'autunno del 1931, i docenti universitari furono obbligati a prestare un giuramento di fedeltà al fascismo; soltanto in 12 si rifiutarono,[2] perdendo la cattedra e il lavoro. Mario Carrara fu uno di questi, e venne escluso da tutte le cariche pubbliche. Nella primavera del 1935 la sua casa fu perquisita nell'ambito dell'operazione che portò all'arresto di Vittorio Foa e Massimo Mila; nell'ottobre 1936 fu arrestato per attività contro il regime fascista, e solo la sua età avanzata lo salvò dal confino. Detenuto alle carceri Nuove di Torino, dove continuò a lavorare al suo Manuale di medicina legale, morì nel giugno successivo.
A Mario Carrara è intitolato il più grande parco della città di Torino, comunemente noto come Parco della Pellerina.
Anche l'Istituto Professionale Statale di Guastalla è intitolato Mario Carrara.