Mosso dalle simpatie politiche della moglie e dall'avversione per gli abolizionisti, Josiah Gorgas scelse la Confederazione quando si profilò la secessione degli stati del sud. Nei primi dell'aprile 1861 si dimise dal suo incarico nell'esercito e si trasferì a Montgomery (Alabama), la prima capitale degli Stati Confederati d'America, dove fu nominato capo dell'artiglieria dell'esercito confederato. Pochi giorni dopo (12 aprile 1861) il Nord e il Sud erano in guerra.
Gorgas è famoso per l'eccezionale efficienza dimostrata nel dotare di armi e munizioni le forze confederate. Allo scoppio della guerra di secessione, gli stati del Sud avevano poche armi moderne e praticamente nessun impianto per la loro produzione. Gorgas da un lato acquistò armi all'estero, contemporaneamente pianificò la produzione interna di fucili, armi di piccolo calibro, cannoni, proiettili e polvere da sparo. Nel 1863 erano in funzione nuove fabbriche per la produzione degli armamenti e in attività miniere per la fornitura delle materie prime necessarie; e nonostante le costanti difficoltà finanziarie e politiche della Confederazione, Gorgas riuscì a mantenere a un alto livello di efficienza il sistema della produzione bellica. Come riconoscimento delle sue capacità Gorgas fu promosso dapprima da tenente colonnello a colonnello e successivamente da colonnello a generale di brigata (10 novembre 1864). I diari tenuti da Gorgas durante la guerra di secessione sono un importante oggetto di studio per gli storici[3][4].
Dopoguerra
Dopo la sconfitta della Confederazione nel 1865, Gorgas fu responsabile di un altoforno nella Contea di Bibb (Alabama). Nel 1870 fu accolto nel corpo docente dell'Università del Sud, a Sewanee (Tennessee), di cui nel 1872 divenne vice-rettore. Nel 1878 fu eletto presidente dell'Università dell'Alabama, ma si dimise l'anno successivo per motivi di salute. L'amministrazione dell'Università gli offrì un'abitazione diventata nel 1944 un museo dedicato alla famiglia Gorgas noto come «Gorgas House».
^Patterson R. «Dr. William Gorgas and his war with the mosquito». CMAJ. 1989 Sep 15;141(6):596-7, 599. PMID 2673502, PMCID PMC1451363 (Free PMC Article)
^Frank E. Vandiver (ed.), The Civil War Diary of General Josiah Gorgas, Tuscaloosa: University of Alabama, 1947
^Wiggins, Sarah Woolfolk (ed.), The Journals of Josiah Gorgas 1857-1878, Tuscaloosa: University of Alabama Press, 1995 (Google books)
Bibliografia
Frank E. Vandiver, Ploughshares into Swords: Josiah Gorgas and Confederate Ordnance, Austin: University of Texas Press, 1952, ISBN 089096632X