Dal 1958 al 1969, Fitzmyer insegnò Studi Neotestamentari e le lingue bibliche al Woodstock College, il più antico seminario gesuita negli Stati Uniti. Dal '69 al '71, fu professore di aramaico e di ebraico all'Università di Chicago, quindi per un triennio docente di Nuovo Testamento e lingue bibliche alla Fordham University.
Dopo un biennio trascorso come docente alla Weston School of Theology di Cambridge, nel Massachusetts, ottenne la cattedra di Studi Neotestamentari al Dipartimento di studi biblici della Università Cattolica d'America, nella quale rimase per dieci anni fino al pensionamento.
Dopo aver speso gli ultimi anni in mezzo ai confratelli gesuiti della Georgetown University, si spense il 24 dicembre 2016 a Merion, in Pennsylvania.[3]
Il Nuovo Commento Biblico di san Girolamo presenta un sistema di articoli che introducono le epistole del Nuovo Testamento, Galati, Romani, Filemone, la storia del Popolo Eletto, san Paolo apostolo e la sua visione teologica. Al termine di una revisione storica di 40 temi, conclude:
(EN)
«As Christ was "the image of the God" (2 Corinzi 4:4[7]) so human beings are destined to be "the image of the heavenly man" (1 Corinzi 15:49[8]; cf. Romani 8:29[9]). [Through] growth in Christ ... the Christian lives his or her life "for God" (Galati 2:19[10]). Thus, for all his emphasis on Christ, Paul once again refers Christian existence ultimately to the Father – through Christ.»
(IT)
«Come Cristo era "l'immagine di Dio" (2 Cor 4, 4), così gli esseri umani sono destinati ad essere "l'immagine dell'uomo celeste" (1 Cor 15:49; cfr. Rm 8, 29). [Attraverso] la crescita in Cristo ... il cristiano vive la sua vita "per Dio" (Gal 2,19). Pertanto, nonostante tutta la sua enfasi su Cristo, Paolo riferisce ancora una volta l'esistenza cristiana al Padre, attraverso Cristo.»
(Joseph Fitzmyer, The New Jerome Biblical Commentary, 1990, p. 1416[11])
Fitzmyer pubblicò tre commenti in merito alla Romani: The Jerome Biblical Commentary (nel '68), The New Jerome Biblical Commentary (nel' '89) e l'Anchor Bible Commentar (nel '93). L'ultima opera, contenente più di 800 pagine, ha ispirato il volume Spiritual Exercises Based on Paul's Epistle to the Romans[12] ("Esercizi spirituali basati sull'epistola di Paolo ai Romani"), nel quale l'autore si sforza di collegare il commento biblico e l'esegesi con la spiritualità moderna, portando alla luce la coerenza complessiva esistente fra la critica storica, gli strumenti dell'arte retorica, la religiosità ebraica di Paolo e il contesto storico greco-romano nel quale svolse il suo ministero.
Fitzmyer sostenne che la Lettera ai Romani conservava la propria permanente natura salvifica anche per la modernità, contrariamente alla tesi di un nesso causale fra la teologia paolina e il contesto storico dell'apostolo, con particolare riferimento alla crisi interna alla comunità corinzia.
The Impact of the Dead Sea Scrolls riassume 50 anni di ricerche pionieristiche condotte da Fitzmeyer in relazione ai Manoscritti del Mar Morto.[13]
