Conservò entrambe le posizioni di insegnamento fino al 1902, quando passò a insegnare storia moderna all'Università di Cambridge[1].
A Cambridge, Bury divenne mentore di Steven Runciman, il quale si sarebbe successivamente definito (sia pure falsamente) come "primo e unico studente" di Bury. In realtà, in un primo tempo, Bury si mostrò ostile nei confronti di Runciman. Quando Runciman gli accennò della sua familiarità con il russo, Bury gli assegnò una serie di articoli bulgari da tradurre e pubblicare; fu l'inizio di una solida collaborazione.
Bury rimase a Cambridge, come Regius Professor of Modern History, dal 1902 fino alla sua morte, avvenuta a Roma all'età di 65 anni.
Nei suoi studi si è anche interessato di storia dell'Impero bizantino, argomento che molti altri storici inglesi, a partire dallo stesso Edward Gibbon, avevano trascurato.
«In ogni epoca [...] il numero di coloro che hanno voluto ragionare di testa propria è sempre stato molto esiguo, e probabilmente così sarà anche per l'avvenire.»
(John Bury)
La sua notorietà in Italia è legata soprattutto alla traduzione della sua opera principale: Storia della libertà di pensiero, Feltrinelli, Milano, 1962 (A History of Freedom of Thought, Oxford University Press, 1913, 1952).
Ancora oggi Bury è ricordato come un vero educatore ed un libero pensatore per le idee originali da lui elaborate e diffuse, soprattutto in un momento storico in cui in Europa maggiormente era il bisogno a causa dell'affermarsi dei totalitarismi. Per Bury, infatti, libertà di pensiero e progresso sono due beni irrinunciabili per una società democratica e non può esservi l'uno senza dell'altro. La libertà di pensiero non deve mai essere limitata o frenata, perché quando s'impedisce agli uomini di ragionare, la ragione si addormenta e produce mostri. Libertà di pensiero e progresso sono inestricabilmente connessi tra di loro al punto che l'una non può esistere senza l'altra.
Il pensiero di Bury sulla libertà di pensiero è stato divulgato a partire dal 1951 da Harold John Blackham, che ha ripubblicato fedelmente la sua Storia del 1913, aggiungendo un Epilogo di 35 pagine, scritto secondo il punto di vista di Bury, per aggiornare la sua analisi storica.
La stessa casa editrice, dopo la morte di Bury, ha pubblicato in Italia anche Storia dell'idea di progresso, un altro suo libro che è come la seconda faccia del suo pensiero.
Opere
Come autore
History of the Later Roman Empire from Arcadius to Irene (1889) — Volume One, Volume Two
History of the Roman Empire From its Foundation to the Death of Marcus Aurelius (1893)
History of Greece to the Death of Alexander the Great (1900)
Life of St. Patrick and His Place in History (1905)
History of the Eastern Empire from the Fall of Irene to the Accession of Basil I (1912)
Storia della libertà di pensiero, Feltrinelli, Milano, 1962 (A History of Freedom of Thought, Oxford University Press, 1913, 1952).