Dopo la soppressione dei gesuiti nel 1773, Zallinger insegnò filosofia a Dillingen e poi fisica a Innsbruck nel 1777. Si recò quindi ad Augusta, su invito del principe vescovo Clemente Venceslao di Sassonia, che lo assunse come professore di diritto canonico, al Collegio del SS. Salvatore. Ricoprì questo incarico per trent'anni (1777-1807). Dal 1797 al 1802 fu anche rettore dell'università.[3]
Nel 1805 trascorse quattro mesi come teologo alla nunziatura apostolica di Ratisbona; in seguito trascorse a Roma sedici mesi, su invito di papa Pio VII come consigliere pontificio per gli affari tedeschi (1805-6).[2] Insegnò anche a Trento.[1]
Nel 1807 si concluse il suo incarico al collegio e fu dimesso senza pensione. Ritornò a Bolzano, dove visse con i familiari, dedicando il resto della sua vita a opere letterarie. Come canonista difese nuovamente i diritti dei papi e le tendenze febroniane in Germania; come filosofo si sforzò di sostituire il metodo scolastico con l'empirismo di Newton,[2] della cui teoria gravitazionale fu un'autorità riconosciuta.[1]
La sua opera più conosciuta è Interpretatio naturae, seu philosophia Newtoniana methodo exposita (1773), in cui difende la concezione copernicana del sistema solare e l'empirismo di Newton.[3]
(EN) Kenneth Rudnick SJ, Zallinger, Jacob Anton, in Heiner F. Klemme, Manfred Kuehn (a cura di), The Bloomsbury Dictionary of Eighteenth-Century German Philosophers, Bloomsbury Publishing, 2016, pp. 873-, ISBN9781474255981.