Huron è stata fondata negli anni 1880, in pieno boom dell'industria ferroviaria. La storia della città è strettamente legata alla Chicago and Northwestern Railway. Su indicazione di Marvin Hughitt, direttore generale della ferrovia, venne costruita una stazione sulla sponda occidentale del fiume James. Per tale motivo, la società decise di acquistare 3,6 km² di terreni nella zona. Huron prese il nome dalla tribù degli Uroni (conosciuti come Huron in inglese). Dal 1880 fino al 1904, anno in cui Pierre divenne la capitale dello Stato, Huron venne presa in considerazione come possibile capitale del Dakota del Sud.
