Nato in un piccolo comune del Midi francese, regione del Rodano-Alpi, da una famiglia contadina, a sei anni inizia a frequentare le scuole elementari del suo villaggio e a dodici anni passa al collegio di Bourg-Saint-Andéol. Di quel periodo dice: "Ma la scuola mi pesava; volevo lavorare [...] la terra".[senza fonte] A quattordici anni diviene agnostico, a quindici, nel 1918, perde la madre. Nel 1925 lascia la sua patria per recarsi dapprima a Londra, poi in Italia e, infine, in Africa settentrionale dove conosce i patimenti della fame. Nel 1926 torna nel paese natale.
Nel luglio 1941 Thibon accoglie nella sua fattoria Simone Weil. A lui la pensatrice, nell'aprile del 1942 prima di partire per il Marocco, consegna i suoi quaderni pieni di appunti; da questi testi manoscritti Thibon seleziona i pensieri raccolti nel libro La Pesanteur et la Grâce (La pesantezza e la grazia, o L'ombra e la grazia) che egli pubblica nel 1947, facendo conoscere al mondo la giovane filosofa morta quattro anni prima di tubercolosi.
Il 19 gennaio 2001, a Saint-Marcel-d'Ardèche, dove era nato, è scomparso, quasi centenario, lasciando tre figli e nipoti. Le opere fondamentali per comprendere Thibon sono Ritorno al reale e le Diagnosi.
Quadro sintetico del suo pensiero
"Non sono un autodidatta, perché i libri sono dei maestri. Ma, se ho detto che a scuola il ragazzo impara spesso a manifestare ciò che non è e a diventare ciò che intimamente è, io non ho avuto questa grazia o questa disgrazia e mi sono formato a contatto diretto di libri e di testimoni viventi senza passare per i canali della scuola e dell'università".
In questo modo il filosofo-contadino descrive il suo percorso di studi, caratterizzato da una sincera sete di conoscenza e dalla ricerca della verità delle cose, della realtà.
Nelle sue opere si fondono un'analisi acuta delle storture della Modernità, bacchettata nei suoi errori e contraddizioni, e un autentico anelito all'universale.