Il Giro delle Fiandre 1966, cinquantesima edizione della corsa, fu disputato il 9 aprile 1966, per un percorso totale di 243 km. Fu vinto dal belga Edward Sels, al traguardo con il tempo di 5h53'00", alla media di 41,303 km/h, davanti ad Adriano Durante e Georges Vandenberghe.
I ciclisti che partirono da Gand furono 151; coloro che tagliarono il traguardo a Meerbeke furono 60.