Viaggiando attraverso Vienna e Trieste, sostò ad Antivari nel Montenegro, dove, fino al 1870, lavorò come funzionario medico addetto alla quarantena nel porto locale. Terminato questo incarico si unì al personale di Ismail Hakki Pascià, governatore di una provincia dell'Albania settentrionale, e durante il suo servizio viaggiò per tutto l'impero ottomano, sebbene i dettagli relativi a questo periodo risultino scarsi.
Quando Hakki Pascià morì nel 1873, Emin fece ritorno a Nysa con la vedova di Hakki Pascià ed i suoi figli, convivendoci come se fossero la propria famiglia. Se ne andò improvvisamente nel settembre del 1875 per recarsi dapprima al Cairo e nel dicembre dello stesso anno a Khartoum.
A questo punto adottò il nome di “Mehemet Emin” (in arabo Muhammad al-Amin), ma non ci sono fonti ufficiali riguardo ad una sua presunta conversione all'Islam. Nella capitale sudanese aprì uno studio medico e iniziò a collezionare varie specie di piante, animali e uccelli, molte delle quali vennero spedite nei vari musei europei.
Nel 1876 Charles George Gordon, l'allora governatore dell'Equatoria, nominò Emin capo ufficiale medico della provincia e gli affidò alcune missioni diplomatiche in Buganda e Bunyoro.
Governatore dell'Equatoria
Nel 1878 Emin succedette a Gordon quale governatore della provincia ed ottenne il titolo di Bey.
Per qualche anno si stabilì a Lado, luogo che servì come base per amministrare il territorio e si dedicò alla lotta alla tratta degli schiavi. Nel 1881 scoppiò la rivolta di Muhammad Ahmad: le truppe del Mahdi spingevano verso sud, il governo egiziano dovette nel tempo abbandonare la provincia e l'Equatoria si isolò dal resto del mondo. Nel 1885 Emin dovette lasciare Lado per trasferirsi col proprio piccolo esercito verso sud, a Wadelai, da dove riuscì comunque a mantenere contatti con Zanzibar. Nel 1886 venne organizzata[1] la spedizione di soccorso a Emin Pascià, capitanata da Henry Morton Stanley. Quando nel 1888 la squadra riuscì nell'intento di trovare Emin, si resero conto che quest'ultimo non aveva alcuna intenzione di lasciare la propria posizione. Nel frattempo parte della squadra di salvataggio venne decimata da malattia e dal dissenso, alcuni militari di Emin si erano ribellati e giungevano notizie che le truppe del Mahdi stessero guadagnando terreno. A questo punto Stanley riuscì finalmente a convincere Emin a partire per Zanzibar; alla spedizione si aggiunse anche l'esploratore italiano Gaetano Casati.
^Anche per merito delle lettere di Emin Pascià che l'esploratore russo Vasilij Vasil'evič Junker riuscì a recapitare in Europa dopo un viaggio avventuroso attraverso Uganda e Tanganica fino a Zanzibar.
