Riceputi voleva infatti scrivere la storia ecclesiastica dell'Illiria e nel 1720 circolò a Padova un'anteprima di quest'opera. Per vent'anni i due ricercarono materiali per il loro lavoro in tutte le librerie e gli archivi dell'antica Illiria; ciò che raccolsero riempì circa 300 volumi manoscritti.
Nel 1712, quando due delle più corpose sezioni, la martirologia dell'Illiria e la vita di San Pietro Orseolo, erano quasi finite, Riceputi morì e Farlati si ritrovò a lavorare da solo per la presentazione dell'enorme quantità di materiale raccolto. Come collaboratore scelse Padre Jacopo Coleti.
Il primo volume di Illyricum Sacrum apparve a Venezia nel 1751; conteneva la storia della Chiesa di Salona degli ultimi quattro secoli. Altri tre volumi apparvero poco dopo; quando il quinto volume era in stampa.
Alla morte di Farlati, il suo assistente Coleti terminò il quinto volume, che fu pubblicato nel 1775, e continuò con tre altri volumi, l'ultimo dei quali datato 1818.
L'opera intera riempie otto volumi di formato in folio.
