Il calcio argentino subisce una delle sue prime "rivoluzioni" e scissioni. Da un lato la Argentine Football Association, cioè l'unica federazione calcistica argentina riconosciuta dalla FIFA e a cui rimane aggregato il Boca Juniors; dall'altra la secessionaria Federación Argentina de Football (fondata da Estudiantes, Porteño e Gimnasia y Esgrima de Buenos Aires e che avrà vita breve, chiudendo i battenti soltanto nel dicembre del 1914). A causa della scissione, avvenuta dopo sei giornate, la AFA decide che le partite disputate con le squadre "scissioniste" non contano ai fini della classifica: per il Boca sono quindi inutili i punti ottenuti contro Kimberley, Argentino de Quilmes e Independiente.
Il Boca Juniors si prepara alla nuova stagione cambiando profondamente la propria rosa: a parte Calomino (sbocciato come talento del calcio argentino soltanto nella stagione precedente), Taggino, Priano, Pieralini, e Garibaldi, l'ossatura della squadra cambia completamente, anche con il ritorno di Donato Abbatángelo e del primo giocatore britannico a vestire la casacca xeneize, ovvero lo scozzeseAlex McCulloch (che viene presentato ai tifosi in occasione della partita casalinga del 1 settembre 1912 contro il Comercio).[1] Dal punto di vista prettamente sportivo però, il grande cambiamento della rosa non porta ad un'altrettanto grande stagione per il Boca Juniors, che non riesce nuovamente a raggiungere la promozione in Primera, soprattutto a causa del clamoroso pareggio con il Platense del 22 settembre, nel quale il Boca riesce a sbagliare ben due rigori, perdendo così i punti fondamentali per poter sperare nella promozione.[2] La successiva sconfitta contro il Ferro Carril Oeste per 2-0 del 10 novembre 1912, valevole per l'ultima giornata del campionato, ha anche un sapore dolce perché segna la fine dell'esperienza del Boca Juniors in una serie cadetta del campionato calcistico argentino.[3] Anche la sua partecipazione alla Copa Bullrich è l'ultima partecipazione per il Boca in questa competizione; anche qui arriva inoltre l'ennesima delusione, con la sconfitta già al primo turno contro l'Estudiantil Porteño (Donato Abbatángelo sbaglia addirittura un calcio di rigore al 70º minuto di gioco sul momentaneo 0-1 dell'Estudiantil).[4]
A completare il quadro di una stagione un po' sottotono, il Boca Juniors è costretto dal governo argentino ad abbandonare il suo campo nel quartiere di Isla Demarchi. Gli operai del governo smontano pezzo a pezzo lo stadio costruito con tanta fatica e denaro da dirigenti, giocatori e tifosi e il Boca Juniors si ritrova costretto a trovare un'altra soluzione per disputare le proprie partite casalinghe.[5]
^Al 17º minuto di gioco, l'arbitro ha sospeso l'incontro dopo essere stato aggredito da un giocatore dell'Independiente e poi da una parte del pubblico. Dopo essersi ripristinata una certa tranquillità, dopo 20 minuti l'arbitro ha deciso di far continuare il match. Il risultato della partita è stato comunque annullato a seguito della "secessione" da parte dell'Independiente nella neonata FAF.
^Primo incontro ufficiale tra il Boca Juniors ed il Riachuelo, squadra la cui fusione nel 1913 con un'altra compagine darà vita allo Sportivo Barracas).
^Dopo il gol di Taggino all'89º minuto di gioco, per protesta sulla regolarità o meno di questo gol i giocatori dell'Estudiantil sono usciti dal terreno di gioco.