La religione cattolica è stata introdotta dai colonizzatori spagnoli ai tempi della conquista del Sudamerica e sostituì le religioni precedentemente presenti sul territorio. Le precedenti religioni erano animiste e sincretiche.
Nel 1829 fu istituita la delegazione apostolica del Perù. Fino al 1836 ebbero giurisdizione sul Paese come delegati apostolici i rappresentanti pontifici in Brasile. Subentrarono, dal 1836 al 1861 i rappresentanti pontifici in Colombia, cui seguirono, dal 1861 al 1877, i rappresentanti pontifici in Ecuador. Nel 1877 furono istituite relazioni diplomatiche fra la Santa Sede ed il Perù, con la nascita dell'internunziatura apostolica di Perù e Bolivia. Il 20 luglio 1917 fu istituita la nunziatura apostolica a Lima.