Fondata nel 1743 da Franklin a Filadelfia, fu l'estensione di un'altra società filosofica, creata dallo stesso Benjamin fondata in precedenza nel 1727, chiamata Junto, conosciuta anche con il nome di Leather Apron Club.
A partire dal 1746 la società ebbe un declino dovuta all'inattività del suo stesso fondatore. Dopo diversi anni, e precisamente dal 1767, ritornò al suo antico splendore fondendosi nel 2 gennaio 1769 con l’American Society for Promoting Useful Knowledge. Dopo la rivoluzione americana, grazie all'appoggio di Francis Hopkinson, uno dei firmatari della dichiarazione di indipendenza, si riuscì ad ottenere una concessione che la tutelava. La società è tuttora attiva, e nell'aprile del 2005 raggiunse la quota di 920 membri.
Dal 1786 la società ha istituito diversi premi fra cui il Magellanic Premium, un riconoscimento dato a chi si distingueva in ambiti particolari (tipo navigazione o astronomia). Altri premi includono il Barzun, Judson Dalande, la medaglia Franklin e la medaglia Jefferson.
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