Felsőfokú tanulmányokat a soproni evangélikus teológiai akadémián folytatott, majd továbbképezte magát a hallei és a Berlini Egyetemen. Teológiai és bölcsészdoktor, 1913-tól az MTA tagja.
1874-től az eperjesi, majd 1882-től a pozsonyi evangélikus teológiai akadémia tanára, később igazgatója volt. Felméri Lajost követte 1894-ben a kolozsvári egyetem Pedagógiai Tanszékének élén. A pedagógiai intézet és a tanárképző intézet vezetőjeként 1906-tól a középiskolai tanárképzésben is részt vett. Didaktikai és tantervtörténeti[1]-elméleti elképzeléseit 1917–1919 között a kolozsvári reform-középiskolában valósíthatta meg. Ebben a reform-iskolában a reál iskola, a humán gimnázium és a reálgimnázium együtt valósult meg úgy, hogy a belsőleg differenciált intézmény az elágazó ttv.-e által választási lehetőséget kínált a tanulóknak a "humanisticus óclassicai" és a "realisticus modern nyelvű" irány felé.[2]1894–1923-ban a kolozsvári, majd a szegedi egyetemen a pedagógia nyilvános rendes tanára.
1918–1919-ben a kolozsvári egyetem rektora volt, ebben a minőségében a vesztes háború után neki kellett átadni a kolozsvári Ferenc József Tudományegyetemet a román hatóságoknak. Az egyetem oktatóit kiutasították Romániából, tanártársaival ő is Budapestre menekült. Sokat tett azért, hogy a vesztes háború miatt megszűnt kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem tanári gárdáját egyben tartsa azért, hogy Szegeden folytassák munkájukat, az egyetemi oktatást és a kutatást.
Önként kérte nyugdíjaztatását magas kora és fáradtsága miatt, ám szellemi frissességét továbbra is megőrizte és aktív tagja maradt a tudományos- és közéletnek.
Kőszeg történelmi belvárosában utca viseli a nevét.
Schneller István és Imre Sándor tantervelméleti törekvései. Válogatott írások; szerk., bev., jegyz. Ravasz János; OPI, Bp., 1984 (A tantervelmélet forrásai)
Béla Pukánszky: Pedagógia és Pszichológia. = Educational Science and Psychology. ld. A Szegedi Tudományegyetem múltja és jelene : 1921–1998 = Past and present of Szeged University. /JATE. Szeged : Officina Ny., 1999. Scneller István ld. 216. o.
Pedagógiai lexikon. Főszerk. Báthory Zoltán, Falus Iván. 3. köt. Budapest : Keraban Könyvkiadó, 1997. Schneller István ld. 291-292. o. (összes ISBN 9638146443)
Szegedi egyetemi almanach : 1921–1995. Szerk. Szentirmai László, Iványi Szabó Éva, Ráczné Mojzes Katalin. Szeged, 1996. Scneller István ld. 190. o. ISBN 963-482-037-9
További információk
Dér Miklós: Schneller István pályája és pedagógiai munkássága, 1937. (Doktori disszertáció, Várkonyi Hildebrand Dezső pedagógiai-lélektani doktori iskolájában készült.)
Pröhle Károly:[3] Schneller István : emlékbeszéd . Pécs : Erzsébet Tudományegyetem, 1939. 10 o.
Bartók György: Schneller István. [Budapest] : [Sylvester Ny.], [1939]. 3, [1] o. (Lásd még Szellem és Élet, 1939/1. 1-2.)
Imre Sándor: Schneller István . Budapest : Országos Középiskolai Tanáregyesület, [1939]. 3, [1] o.
Fodor László (1950–): A magyar személyiségpedagógia neves kolozsvári képviselője: Schneller István. Ld. Pedagógiai célkitűzések a XIX. század magyar pedagógiájában, 170-180. o.
Pukánszky Béla: A személyiségpedagógia magyar képviselője – Schneller István. Ld. Hatszáz év neveléstörténetéből, 44-55. o.
Pukánszky Béla: Schneller István. Budapest : OPKM, 1990. 82 p. (Ser. Magyar pedagógusok)[4]
Tettamanti Béla: A személyiség nevelésének magyar elmélete : Schneller István rendszere . ["A személyiség pedagógiája" c. tanulmányt írta Pukánszky Béla]. Budapest : OPKM, 1995. Ser. Az Országos Pedagógiai Könyvtár és Múzeum hasonmás kiadványai.