Atyja tervei szerint először Szakállas Henrik sziléziai herceg és Szent Hedvig fiával jegyezték el, és Sziléziába vitték, ahol Szent Hedvig a trebnici (trebnitzi) cisztercita apácák gondjára bízta. Három évet töltött a kolostorban. Miután jegyese vadászbalesetben meghalt, Ágnest visszavitték Prágába, ahol a doksonyi premontrei nővérek nevelték tovább.
Második vőlegénye II. Frigyes német-római császár fia, a későbbi VII. Henrik német király lett, ezért Ausztriába, a Babenberg-ház udvarába vitték, de atyja fölbontotta ezt az eljegyzést, és inkább magának II. Frigyesnek ígérte lánya kezét (amit időközben III. Henrik angol király is megkért).
1230-ban Ottokár váratlanul meghalt, és Ágnes IX. Gergely pápa közreműködésével rávette Frigyest, hogy álljon el a házasságtól. Visszatért Prágába, ahol háza közelében kolostort építtetett a minoritáknak, majd klarisszáknak a Szent Jakab-templom mellett. A kolostorba az első nővéreket Assisi Szent Klára, Ágnes levelezőpartnere küldte. Ágnes maga is belépett a zárdába, majd 1234-ben átvette annak irányítását. Főleg a betegekkel (különösen a leprásokkal) és az árvákkal törődött, olyannyira, hogy valóságos városnegyed alakult karitatív intézményeiből. Templomokat építtetett Assisi Szent Ferenc, Mária Magdolna és Szent Borbála tiszteletére.
Mindvégig tartotta a kapcsolatot családjával, erélyesen és okosan közvetített rokonai vitáiban. Halála előtt kibékítette Vencel királyt és lázadó fiát, Ottokárt.
