Alytust az írásos források először 1377-ben említik,[2] amikor a marburgi Wigend krónikában Aliten néven került említésre. A krónika szerint a helyén egy kis, faerőd volt, amely LitvániaNémet Lovagrenddel közös határát védte. Az erőd és a környező falu fokozatosan növekedett, annak ellenére, hogy gyakran portyáztak ott a litvánok és a Német Lovagrend katonái is. A melnói békeszerződés szerint a város a határ lovagrendi oldalán maradt, de nem sokkal később visszaszerezték. 1581. június 15-én Báthory István lengyel király és litván nagyfejedelem városi jogokat adott a településnek. Az eseményt minden évben az Alytus napon ünneplik meg.
A 19. század végén a város a kelet-poroszországi határ mentén álló orosz helyőrségrendszer egyik erődje lett. Vasút és egy új út kötötte össze a világ többi részével. Emellett a cári hatóságok több laktanyát és egy keleti ortodox templomot építettek (napjainkban katolikus templom). Az oroszok erőd építési erőfeszítései ellenére azonban az első világháború során a központi hatalmaknak épségben, nagyobb összecsapások nélkül sikerült elfoglalniuk a várost. 1915-ben az úgynevezett Ober Ost egyik városa lett, és 1795 óta először egyesítették mindkét városrészt egyetlen közigazgatási egységgé.
Az első világháború végével a település továbbra is az újonnan függetlenné vált Lengyelország és Litvánia területén maradt, de a tényleges irányítást a területen állomásozó német hadsereg tartotta fenn. Amikor 1919 elején a németek kivonultak, a várost elfoglalta a Vörös Hadsereg. 1919. február 12-én a város az orosz és a litván csapatok közötti első összecsapás csataterévé vált, az utóbbiak végül átvették az irányítást. Azóta a város a Litvánia része.
Lengyelország megszállását követően a városban nagy fogolytábor létesült az elfogott lengyel katonák számára. A második világháború alatt Alytus német megszállás alatt volt 1941. június 22-től 1944. július 15-ig.[3] A város 1941-es német megszállását követően a tábort szovjet katonák fogolytáborává alakították át (Stalag 343). Az 1965-ös Masinės žudynės Lietuvoje, 1941–1944 című könyv két jelentős tömegsírt sorol fel Alytusban: a Vidzgiris erdőben és a Nyeman folyó bal partján a délkeleti külvárosban hatvanezer, a Szovjetunióból származó zsidó áldozat nyugszik, míg az alytusi erdőben, akkor még a keleti külvárosban harmincötezer szovjet hadifogoly nyugszik.[4] Gintaras Lučinskas történész azon a véleményen van, hogy ezeket a számokat durván felfújták és az áldozatok tényleges száma tízezernél kevesebb lehet.[5][6][7]
A címerben egy fehér rózsa látható, amely az ország két rózsákat ábrázoló címerének az egyike. A Fehér Rózsa híd az ország legnagyobb gyalogoshídja, melynek nevét a város lakói szavazták meg. A híd a korábbi vasúti híd maradványaira épült, amelyet még a visszavonuló orosz csapatok robbantottak fel 1915-ben.
Alytus 2007 óta évente rendez paradicsomkóstolót. A résztvevőknek sokféle paradicsomot kínálnak, és vitákat szerveznek, amelyeken megbeszélik azokat a különféle tényezőket, amelyek elősegítik a gazdag paradicsomtermést. Alytusban található a Snaigėhűtőszekrény összeszerelő gyára.[10]
Ez a szócikk részben vagy egészben az Alytus című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.