Velika loža Irske je 1851. godine u Floriani osnovala Ložu "Leinster" (Leinster Lodge) br. 378 nazvanu po istoimenoj provinciji.[1] Godine 1899. osnovana je Loža "Abercorn" br. 273 u Senglei koja je preuzela ložinski broj od Lože "14. zmajske" osnovane 1756. godine.[2] Velika loža Irske je još osnovala dvije lože na Malti, Ložu "Feničani" br. 906 (1999.) i Ložu "Hospitalci" br. 931 (2003.).[3][4] S druge strane, Ujedinjena velika loža Engleske je 1988. godine osnovala Ložu "Grof Roger od Normandije" br. 9265.[5] Engleska velika loža je osnovala još dvije svoje lože u Malti.[6][7]
Pet spomenutih loža je 18. studenoga2004. godine u Valletti uspostavilo Suverenu veliku ložu Malte.[7][8] Istoga dana Loža "Leinster" je promijenila naziv u Loža "Mikiel Anton Vassalli".[1] Naredne, 2005., godine osnovane su još dvije lože, Loža "Ars Discendi" i Loža "Flos Mundi".[9]
Godine 2010. osnovana je Loža "Bijelo more" (White Sea Lodge) koja 2019. mijenja naziv u Loža "Večernja zvijezda". Tih godina osnivaju se još tri lože: Loža "Mare Nostrvm" (2011.), Loža "Utopija" (2013.) i Loža "Spartaco Mennini" (2013.).[9]
Početkom 2020-ih osnivaju se tri lože: Loža "Deae Matres" (2021.), Loža "Mario Mezzadri" (2022.) i Loža "Templari" (2023).[9][11][12]
Ustroj
Sjedište Suverene velike lože Malte je u Valletti.
U srpnju 2024. godini pod zaštitom ove velike lože radi 14 loža.[9]
Loža "Mikiel Anton Vassalli" (Loġġia Mikiel Anton Vassalli) br. 1, Valletta – nosi naziv po malteškom jezikoslovcu Mikielu Antonu Vassalliju od 2004., a osnovana je 1851. godine kao Leinster Lodge No 378 pod zaštitom Velike lože Irske.
Loža "Abercorn" (Abercorn Lodge) br. 2, Valletta[13] – nosi naziv po škotskom selu Abercorn i vojvodstvu Abercorn u irskom plemstvu i osnovana je 1899. godine kao loža br. 273 pod zaštitom Velike lože Irske.
Loža "Grof Roger od Normandije" (Count Roger of Normandy Lodge) br. 3, Valletta – nosi naziv po grofu Rogeru I. i osnovana je 1988. godine kao loža br. 9265 pod zaštitom Ujedinjene velike lože Engleske.[5]
Loža "Feničani" (Fenici Lodge) br. 4[a] – nosi naziv po Feničanima i osnovana je 1991. godine kao loža br. 906 pod zaštitom Velike lože Irske.
Loža "Hospitalci" (Hospitaliers Lodge) br. 5[a] – nosi naziv po vitezovima Hospitalcima, današnjim Malteškim vitezovima; osnovana je 2003. godine kao loža br. 931 pod zaštitom Velike lože Irske.
Loža "Ars Discendi" (Ars Discendi Lodge) br. 6[a] – nosi naziv po latinskom izrazu što u prijevodu znači "Umijeće učenja".
Loža "Flos Mundi" (Loġġia Flos Mundi) br. 7[a] – nosi naziv po latinskom izrazu što u prijevodu znači "Cvijet svijeta".
Loža "Večernja zvijezda" (Evening Star Lodge) br. 8[14][a] – nosi naziv po zvijezdi Danici.
Loža "Mare Nostrum" (Mare Nostrvm Lodge) br. 9[a] – nosi naziv po latinskom nazivu za Sredozemno more.