Nakon stjecanja neovisnosti 1991. godine, koje je uslijedilo raspadom komunističkog Sovjetskog Saveza, slobodno zidarstvo u Moldaviji postupno se obnavlja. Prva masonska loža, Loža "Savez" (tal.Loggia Alleanza) br. 113, osnovana je 7. lipnja1997. godine u Kišinjevu pod pokroviteljstvom Regularne velike lože Italije, a sve uz potporu uz potporu tadašnjeg moldavskog predsjednika Piotra Lucinschija, poznatog po svojoj antirumunjskoj politici.[1] Druga je osnovana u svibnju iduće godine također u Kišinjevu, Loža "Tisućljeće" (Loggia Terzo Millennio). Tri lože su osnovane istoga dana 7. lipnja1998. godine, lože "Renesansa" i "Unija" u Kišinjevu te Loža "Južna zvijezda" u Tiraspolu. Ovih pet lože su u listopadu 1998. godine stavljene u jednu pokrajinsku veliku ložu u strukturi Regularne velike lože Italije.[2] Pod pokroviteljstvom talijanske velike lože tijekom 1999. godine osnovane su još tri lože u Kišinjevu, lože "Atlant" i "Ujedinjena srca" osnovane su na isti dan 2. lipnja dok je Loža "Kruna nacije" osnovana 14. listopada.[3][4] Ovih osam loža u Kišinjevu pod Regularnom velikom ložom Italije su 15. listopada 1999. godine osnovale Veliku ložu Moldavije a svjetlo je u novu veliku ložu je unio talijanski veliki majstor Giuliano Di Bernardo.[5][6]
U Kišinjevu su tijekom 2000. godine osnovane još tri lože, "Stjepan Veliki", "Stup" i "Studija", kao i Loža "Večernja zvijezda" u Cahulu. U Bălțiju u ožujku 2001. je osnovana Loža "Sjeverna zvijezda". Tijekom 2004. godine osnovane tri lože u Kišinjevu, "Hermes", "Junimea" i "Codex Diplomaticus", a u lipnju 2007. još jedna, Loža "Ovidije br. 25".[3]
Tijekom 2001. djelovala je 21 loža pod okriljem Velike lože Moldavije.[6] Tijekom 2002. godine dvije lože u Moskvi, "Hrabrost" i "Konstelacija", prelaze pod nadležnost Velike lože Rusije.
Loža "Savez" (rumu. Lojă Alianţa) br. 1, Kišinjev – osnovana je kao loža br. 113 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Tisućljeće" (Lojă Milenium) br. 2, Kišinjev – nosi naziv po tisućljećju, vremenskom razdoblju; osnovana je kao loža br. 116 zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Renesansa" (Lojă Renaştere) br. 3, Kišinjev – nosi naziv po Renesansi, razdoblju u književnosti i umjetnosti; osnovana je kao loža br. 121 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Južna zvijezda" (Lojă Steaua De Sud) br. 4, Tiraspol – osnovana je kao loža br. 118 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Unija" (Lojă Unire) br. 5, Kišinjev – osnovana je kao loža br. 122 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Atlant" (Lojă Atlant) br. 6, Kišinjev – nosi naziv po Atlantu, jednom od Titana u grčkoj mitologiji; osnovana je kao loža br. 134 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Ujedinjena srca" (Lojă Uniunea Inimilor) br. 7, Kišinjev – osnovana je kao loža br. 139 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Kruna nacije" (Lojă Coroana Neamului) br. 8, Kišinjev – osnovana je zaštitom Regularne velike lože Italije, jedan dan prije osnivanja Velike lože Moldavije.
Loža "Stjepan Veliki" (Lojă Ștefan Cel Mare) br. 9, Kišinjev – nosi naziv po princu Stjepanu III.
Loža "Večernja zvijezda" (Lojă Luceafărul) br. 12, Cahul – nosi naziv po poemiVečernja zvijezda rumunjskog pjesnika Mihaia Eminescua.
Loža "Stup" (Lojă Columna) br. 14, Kišinjev – nosi naziv po stupu, konstruktivnom elementu u arhitekturi.
Loža "Hermes" (Lojă Hermes) br. 15, Kišinjev – nosi naziv po Hermesu, glasniku bogova u grčkoj mitologiji.
Loža "Studium" (Lojă Studium) br. 19, Kišinjev – nosi naziv po latinskoj riječi za učenje.
Loža "Sjeverna zvijezda" (Lojă Steaua De Nord) br. 24, Bălţi – nosi naziv po zvijezdi Sjevernjači.
Loža "Junimea" (Lojă Junimea) br. 27, Kišinjev – nosi naziv po rumunjskom književnom društvu Junimea.
Loža "Codex Diplomaticus" (Lojă Codex Diplomaticus) br. 28, Kišinjev – nosi naziv po latinskom izrazu za Diplomatički zbornik.[10]
Loža "Ovidije 25" (Lojă Ovidiu – 25) br. 32, Kišinjev – nosi naziv po kišinjevskoj loži utemeljenoj 1821. godine; odnosno po antičkom rimskom pjesniku Ovidiju i rednom broju lože iz 1821.[11][12]
Loža "Sirius" (Lojă Sirius), Kišinjev – nosila naziv po zvijezdi Sirius, najsjajnijoj zvijezdi noćnog neba; osnovana je kao loža br. 138 pod zaštitom Regularne velike lože Italije.
Loža "Južna kruna" (Lojă Coroană De Sud), Căușeni
Loža "Neptun" (Lojă Neptun), Kišinjev – nosila naziv po Neptunu, bogu mora i potresa u rimskoj mitologiji.
Loža "Konstelacija" (Lojă Constelatie; rusk.Ложа "Созвездие"), Kišinjev / Moskva – nosila naziv po sinonimu za zviježđe; izdvojila se 2002. godine i prešla pod okrilje Velike lože Rusije.