מריה מנואלה, נסיכת פורטוגל (בפורטוגזית: Maria Manuela de Portugal; 15 באוקטובר 1527 - 12 ביולי 1545) הייתה בתו של ז'ואאו השלישי, מלך פורטוגל ואשתו של פליפה השני, מלך ספרד.
מריה מנואלה נולדה ב-15 באוקטובר 1527 בקוימברה, לז'ואאו השלישי, מלך פורטוגל ולקתרינה מאוסטריה, מלכת פורטוגל, בתם של פליפה הראשון, מלך קסטיליה וחואנה הראשונה, מלכת קסטיליה.
ב-12 בנובמבר 1543 התחתנה מריה מנואלה בסלמנקה עם בן דודה פליפה, נסיך ספרד, בנו של קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. ב-8 ביולי 1545 ילדה מריה מנואלה את בנה קרלוס, נסיך אסטוריאס, אולם כעבור 4 ימים מתה כתוצאה משטף דם.