הכביש נסלל על תוואי דרך עתיק שהוביל בין נצרת לעכו. בין שפרעם לעכו הדרך העתיקה ביצעה עיקוף קל מצדה המערבי של ביצת עין אפק בשל הקושי לחצות דרכה. הכביש, שנקרא כביש נצרת-שפרעם, נסלל עוד בימי המנדט הבריטי. בשנות ה-50 תחזוקתו הייתה ירודה ביותר[1]. בשנת 1971 נתקבל מלווה מהבנק העולמי לצורך שדרוג הכביש[2], שעד אז הוביל כ-1000 כלי רכב ביממה, נועד לאפשר מעבר של כ-7000 כלי רכב ביממה על הכביש, ובכך להקל את עומס התנועה על כביש 75 שנשא עליו את עיקר התנועה בין חיפה וטבריה[3]. העבודות החלו במחצית הראשונה של 1972[4] והכביש נחנך בתחילת 1975[5].
בסוף העשור הראשון של המאה ה-21 החלה החברה הלאומית לדרכים לשדרג את כביש 79 באמצעות הרחבתו לכביש דו-מסלולי ודו-נתיבי, כולל הקמת מסלול לרכבת קלה עתידית במרכזו. העבודות, בהשקעה של כ-400 מיליון שקל, כללו ביטול צמתים מרומזרים והקמת ארבעה מחלפים קטנים, וסדרת מעברים חקלאיים.
ביולי 2011 נחנך מחלף המוביל, שהיה אחד מהצמתים העמוסים בצפון ישראל, מחלף זה מפריד מפלסית את כביש 79 מכביש 77. באותו חודש נפתח גם מחלף סומך.
במסגרת הקמת כביש עוקף קריות נבנה גשר המעביר את תנועת כביש 79 מעליו. הגשר נפתח לתנועה במחצית 2012. בתקופה זו הוחל גם בעבודות להרחבת קטע הכביש שבין קריית ביאליק ומחלף גלעם לכביש בן 2 מסלולים לכל כיוון עם הפרדה בין שני כיווני הנסיעה. במסגרת העבודות בוטל בחורף 2013 מחלף גלעם, והוחלף בצומת מרומזר, לצורך בנייתו מחדש. המחלף נפתח מחדש ב-14 במאי 2014[6].
בסך הכל, במהלך סוף העשור הראשון של המאה ה-21 ובעשור השני של מאה זו, הוקמו 13 מחלפים חדשים[7] לאורך הכביש, וכן שודרג הכביש באופן משמעותי.