המגעים הראשונים בין שתי המדינות התרחשו בשנת 1990, שנה אחר כך כוננו היחסים של סן מרינו עם צ'כיה.
היחסים העיקריים של סן מרינו עם צ'כיה עד שנת 2011 היו בעיקר יחסי המסחר הדו-צדדיים. הסחר השנתי בין שתי המדינות בשנת 2008 עמד על 80,600 אירו. הסחר נחשב למרשים בשנת 2008, בהתחשב בעובדה שהמשבר הכלכלי העולמי התרחש בשנה זו.
ב-25 בנובמבר 2011 ביקרה שרת החוץ של סן מרינו, אנטונלה מולרוני, בפראג, בירת צ'כיה, ונפגשה עם ראש הממשלה הצ'כי בארמון צ'רנין שבעיר. בפגישה שוחחו המנהיגים רבות והתמקדו בעיקר בנושא שיתוף הפעולה הבילטרלי ובהצעות למתווה בו סן מרינו תיכלל באיחוד האירופי. הביקור היה הראשון אי פעם בין שתי מדינות אלו. הסכם בנוגע לחילופי מידע בנושא המס נחתם בין שתי המדינות.[1]
ייצוג
הקונסוליה הסן מרינזית בפראג
צ'כיה אינה מיוצגת בסן מרינו באף דרג, הן בדרג השגרירות והן בדרג הקונסולרי.
סן מרינו אינה מיוצגת בצ'כיה בדרג השגרירות. סן מרינו מיוצגת בצ'כיה בדרג הקונסולרי בדרג הקונסולרי באמצעות קונסוליה שהיא מחזיקה בפראג, בירת המדינה. הקונסוליה נפתחה בשנת 2008.[2]
