חנקן הוא הגז הנפוץ ביותר באטמוספירת כדור-הארץ (78.082% מהנפח, 75.3% מהמשקל באוויר יבש), הוא המקור היחיד לתעשייה לחנקן נוזלי, שמעובה מהאוויר. בחלל התגלו מגוון תרכובות חנקן. הוא נוצר בתהליכי היתוך גרעיני בכוכבים. מהווה חלק גדול מפסולת בעלי חיים, בדרך-כלל בצורת שתנן, חומצת שתן ותוצרים אחרים של אורגניזמים שונים. N2 קיים באטמוספירת טיטאן (אחד מירחי שבתאי) והתגלה בחלל הבין-כוכבי על ידי David Knauth ושותפיו בעזרת טלסקופ על-סגול.
אמצעי זהירות
דשנים וזבל כימי המכילים חנקן הם מקור חמור לזיהום נהרות ומקווי מים. תרכובות שמכילות קבוצת ציאנו (CN) רעילות ביותר ויכולות לגרום למוות בכמויות קטנות אצל יונקים.
משמש רכיב עיקרי במגוון תרכובות חשובות, ביניהן אמוניה וציאניד (חומצה ציאנית).
בעת ייצור נוזלים נפיצים ממולא חלל האוויר בחדר הייצור בחנקן, עקב אדישותו מבחינה כימית.
כנוזל, משמש לקירור עקב טמפרטורת רתיחתו הנמוכה ומפיקים אותו על ידי זיקוק ודחיסה מאוויר. בשימוש רפואי משמש להסרת יבלות - מדובר בחנקן בטמפרטורה הנמוכה מ-200°- צלזיוס. יכולתו להקפיא תאים חיים באה לידי ביטוי ברפואה בכך שהקפאת היבלת מקפיאה גם את התאים בה, ומסייעת להורדתה. חנקן זה מכונה "אש קרה".
חנקן בשילוב עם חמצן משמש כחומר משפר בערה למנועי בעירה פנימית במכוניות מרוץ ובאופנועים, ובכך משפר את ביצועיהם לטווח קצר. (NOS- Nitros Oxygen System)
כגז אינרטי במגוון תעשיות: מיסוך תהליכים רגישים בתעשייה הכימית והפטרוכימית, מילוי אריזות להארכת חיי מדף בתעשיית המזון, גז מגן לחיתוך מתכות, בתהליכי יצור שבבים או רכיבים אלקטרוניים אחרים, וכן למילוי צמיגים, מכשירי ניווט בתעופה ועוד.
חנקן הוא רכיב חיוני לכל בעלי החיים, נמצא בבסיסים חנקניים המרכיבים את ה-DNA ו-RNA ובחומצות האמיניות שמהן מורכבים חלבונים. חנקן יכול גם לשמש כמקור אנרגיה לחיידקיםאנארוביים, למשל בתהליך האנמוקס. תפקיד החנקן בצמח דומה לזה שבבעלי החיים. מחסור בחנקן הוא גורם שכיח לכלורוזה, תופעה בה נפגע ייצור הכלורופיל, העלה מצהיב, מת ונושר. בנוסף, עלולים להצטבר על הצמח פיגמנטים סגולים, הצמח מפסיק לגדול וישנם עלים מעטים בלבד[דרוש מקור]. כמו כן ייתכן מצב של עודף חנקן המתבטא בצימוח מוגבר, דילול שורשים ועלים כהים עקב עודף כלורופיל. בחקלאות ובגננות מוכרות שיטות דישון טבעיות דוגמת שתילת צמחים המלקטים חנקן מהאדמה בסמוך לשורשיהם ("קשירת חנקן") דוגמת קטניות ובפרט תלתן הצומח בר.