מרגלית נולד וגדל בתל אביב. אביו, ד"ר ישראל (איז'ו) מרגלית, היה רופא הפרסונל, הרופא שאחראי לענייניהם הרפואיים של עובדי בית החולים הדסה בתל אביב, ואמו אורה, פסיכולוגית בתו של ניסן אהרונוביץ׳ - סוחר קרקעות מתל אביב. אחיו הצעיר היה העיתונאי דוד (דודי) מרגלית[1]. דודו היה הנוירוכירורג פרופ' אהרון בלר[2].
דן מרגלית למד בגימנסיה העברית הרצליה, והוא מוסמךהאוניברסיטה העברית בירושלים להיסטוריה יהודית בת-זמננו בשנת 1985, בהצטיינות[3]. את עבודת התזה כתב בהנחיית פרופ' ניסן אורן. בצעירותו כתב בעיתון "חרות". בשנים 1964–1991 היה עיתונאי בעיתון "הארץ". בשנים 1968–1969 היה חבר ודובר של "התנועה למען משה דיין", ששמה לה למטרה להביא לבחירתו של דיין לראשות הממשלה.
מרגלית נמנה עם המנחים הקבועים של התוכנית "ערב חדש" בטלוויזיה החינוכית, החל מימיה הראשונים ב-1982, דרך המעבר לשם "הערב החדש" אחרי סגירת רשות השידור ב-2017, ועד ירידתה הסופית משידור באוגוסט 2018. התוכנית התפתחה לתוכנית ראיונות פוליטית ידועה, ומרגלית הפך למזוהה איתה, התוכנית שודרה בימים ראשון עד חמישי ב-16:59 בטלוויזיה החינוכית ובערוץ הראשון. ב-16 במרץ1989 הוצתה דלת דירתו של מרגלית בירושלים, מספר ימים לאחר שראיין בתוכניתו את פייסל חוסייני. ארגון בשם "הסיקריקים" קיבל אחריות לפעולה[4].
ב-1992 מונה מרגלית על ידי עופר נמרודי לעורך "מעריב", אך פרש לאחר כחצי שנה תוך הטחת האשמות במשפחת נמרודי, שלטענתו התערבה בשיקוליו מטעמים מסחריים ובכך הקשתה על תפקודו כעורך.
לאורך שנות התשעים הנחה את התוכנית "פופוליטיקה" (מאוחר יותר "פוליטיקה") בטלוויזיה הישראלית, ותוכנית דומה בשם "על השולחן" בשנים 1997–1998 בערוץ 2.[6] "פופוליטיקה" זכתה להשפעה עצומה. מקובל לייחס לה את הצלחתם של חברי הפאנל המרכזיים שלה, בעיקר את הישגיו הפוליטיים של יוסף (טומי) לפיד, שבאו לידי ביטוי בהצלחת מפלגת שינוי.
בשנים 2007–2009 חל שינוי בעמדותיו, ועל כך הוא מספר בספרו "התפכחות". הוא חזר בו מתמיכתו בתוכנית ההתנתקות וכתב שלעולם לא יתמוך עוד במהלך חד-צדדי שכזה, אך הוא רואה את הפתרון בשתי מדינות לשני עמים שיושג במשא ומתן. הוא הביע ספקות בסיכוי לכונן שלום אמיתי בעתיד הקרוב בין ישראל לפלסטינים, לנוכח עמדותיהם הסרבניות.
ב-17 באוקטובר 2018, פרסמה רויטל חובל בעיתון "הארץ" תחקיר המייחס למרגלית עבירות של מעשים מגונים בכוח בארבע נשים ובהן חנה קים, והטרדה מינית של אישה חמישית, בשנות ה-80 וה-90. מרגלית הכחיש את הטענות[10]. בעקבות הפרסום העידו שלוש נשים נוספות, בהן העיתונאית אורלי אזולאי כי תקף גם אותן מינית[11]. בעקבות הפרסום התפטר מרגלית מ"הארץ"[12].
בשנת 2020 הצטרף לערוץ דמוקרטtv שם הוא מגיש את התוכנית "דן מרגלית בשיחה אישית". כמו כן, הוא גם משמש כפאנליסט בפאנלים שונים בערוץ.
מרגלית היה נשוי לאליאורה (לוצ'י), ונולדו להם שלוש בנות: קרן, במאית ותסריטאית טלוויזיה, שירה, שכיהנה כמשנה למנכ"ל זכיינית ערוץ 2 "רשת" (הייתה אשתו של האלוף אהרון חליוה, נישאה בשנית לאילן שילוח), ונויה.
^"בשנת 1944 לקחו אותי לסיור ליד הכותל, שהרחבה שלו הייתה צרה ביותר, עם אמי, אבי ד”ר ישראל מרגלית ודודי הפרופ' אהרון בלר", מאת תמר פרלשטיין, סל תרבות: הספרים שדן מרגלית קורא שוב ושוב, 11 ביוני 2016
