לאחר פטירתו של הבאבא סאלי הקים חצר בבאר שבע ברחוב קפריסין. במקביל אליו קיבלו אדמו"רות גם אחיו, הרב דוד חי אבוחצירא, שביסס את חצרו בנהריה שבצפון, ודודו, הרב ברוך אבוחצירא, שבנה את ביתו בנתיבות. בין השניים נוצר מתח[6][7]. בינואר 1986, בעת ההילולה בקבר הבאבא סאלי, פרצה תיגרה בין חסידי הרב ברוך לתומכיו של הרב אלעזר, בניסיון לקבל את החזקה במקום. תומכיו של הרב אלעזר הפסידו במאבק[8].
הרב אלעזר גר בבית שמנהרה מוליכה ממנו אל בית הכנסת, ובעשרות השנים האחרונות יצא מביתו פעמים בודדות בלבד. את דרכו יוצאת הדופן בפרישות מאירועים ציבוריים קיבל מאביו, שנהג כך בשבתו באשדוד[2].
רבי אלעזר נודע כפועל ישועות ואלפים באו לקבל את עצתו או ברכתו, בהם אשכנזים וספרדים, פשוטי עם ופוליטיקאים. חסידיו תרמו לביסוס חצרו ביד רחבה, ועם השנים הוא צבר הון רב. ב-2011 העריך העיתון TheMarker את הונו בכ-80 מיליון דולר[9]. הוא החזיק כולל גדול של אברכים בבאר-שבע, ובית תמחוי[10] התנהג באופן אישי בקדושה ובפרישות[11]. מהנהגותיו היו בעיקר שמירת העיניים באופן קיצוני ומיעוט אכילה ושינה. חלק מהקפדותיו בענייני כשרות היו בנוגע לשחיטה ומשום כך במשך שלושים שנה לא אכל בשר ועוף כולל בשבתות וחגים.
בשנת 2003, בעקבות כתבת תחקיר בעיתון "הארץ", נתבע הרב אבוחצירא על ידי רשות המיסים להעביר לקופת המדינה סכום של 100 מיליון ש"ח, כמס על תרומות שקיבל מחסידיו. הוא סירב, בטענה שהכספים מיועדים לבניית קריה חינוכית ולא לצרכיו האישיים. במסגרת פשרה הוסכם שיתרום 20 מיליון ש"ח למוסדות התנדבותיים, כתחליף למס שנדרש לשלם[12].
בפברואר 2010 פורסם ב"ניו יורק פוסט" כי נפתחה נגדו חקירה[13]. בחשד שהבטיח בארצות הברית הבטחות שווא בתמורה לסכומי כסף גבוהים[14]. במרץ 2010 נטען בתוכנית התחקירים "שומר מסך" שהרב אבוחצירא קיבל תרומות תוך שימוש באיומים וקללות. פרקליטו של הרב אבוחצירא טען בתגובה כי מדובר בחומר שרובו הגדול פורסם לפני שנים רבות, שנבדק על ידי הרשויות השונות ונמצא כלא מבוסס[15].
רציחתו
קברו של רבי אלעזר
בליל ה-29 ביולי2011נרצח הרב אבוחצירא בדקירות סכין[16] בידי אשר דהן, תושב אלעד בן 42 אשר סבל מסכיזופרניה וטען שהרב היה אמור להיות משיח בן יוסף, ונהג לקבל מהרב אבוחצירא ברכה וייעוץ. הוא רצח אותו בזמן קבלת קהל, בעת שהרב אבוחצירא קרא פתק שעליו נרשמה בקשתו של דהן[17]. דהן נמצא תחילה בלתי כשיר לעמוד לדין, אך הועמד לבסוף למשפט, הורשע בינואר 2014 ונידון למאסר עולם[18]. לפי כתב האישום, החליט דהן לרצוח את הרב משום שהמליץ לו שלא לגרש את אשתו. ערעורו על פסק הדין נדחה ביוני 2019[19].
מסע הלוויה של הרב אבוחצירא החל מבית מדרשו בבאר שבע, משם הוסעה המיטה לישיבת פורת יוסף בירושלים, ומשם יצאה הלווייתו בהשתתפות רבבות בני אדם. הוא נקבר בבית הקברות בהר הזיתים[20], בסמוך לקברו של אביו.
עיתון יום ליום של מפלגת ש"ס הוציא מוסף מיוחד לזכרו בשם "נסתר וקדוש" עם תום ימי השבעה.
הרב אבוחצירא היה נשוי לדבורה ואב לשבעה. בהלווייתו הוכתר בנו הבכור הרב פנחס אבוחצירא לממשיך דרכו[22]. ב-2012 הוערך הון חצרו, שירש מאביו, בכ-1.3 מיליארד שקלים[23].
לקריאה נוספת
"תנא דבי רבי אליעזר", קצות דרכיו והליכותיו בקודש, ה'תשע"ח
