עם שובו מפריז, הצטרף לפמלייתו של ת'יאובלד, הארכיבישוף של קנטרברי, העומד בראש הכנסייה באנגליה. בשנת 1142 הלה שלח את בקט לבולוניה ולאוסר, שם השלים בקט את לימודיו התאולוגיים. כששב לאנגליה, כיהן כצירו של ת'יאובלד לרומא כמה פעמים ורכש את אמונו והערכתו; ת'יאובלד מינה אותו לארכידיאקון של קנטרברי, ולפרובוסט (מנהלן ראשי) של בוורלי.
בשנת 1155, בלחץ פטרונו ת'יאובלד, מונה בקט על ידי מלך אנגליה הנרי השני גם למשרה החשובה ורבת ההשפעה של לורד צ'נסלור, התפקיד השלישי בחשיבותו לאחר המלך וראש השרים. בתפקידו זה רכש את הערכתו של המלך והפך לאחד מיועציו הקרובים והמשפיעים ביותר. בנוסף לתפקידו המדיני הוטל על תומאס לשמש גם כמחנכו של בן המלך, הנרי הצעיר, והשניים פיתחו יחסי רעות הדוקים.
בקט הפגין נאמנות רבה להנרי, היה לידידו ואף נלחם בקרב לצדו. התנהלות זו, בנוסף לחיי פאר מנקרי עיניים, שעמדו בניגוד לתדמיתו כאיש כמורה, יחד עם המיסים שתבע מאנשי הכנסייה הכפופים לו, יצרו חיכוך מתמיד ותחושת מרירות בינו לבין הכמורה האנגלית.
לאחר מותו של הארכיבישוף ת'יאובלד ב-18 באפריל1161 נבחר בקט, בהשפעתו הישירה של המלך, לתפקיד הארכיבישוף החדש וראש הכנסייה. הקדשתו למשרה נערכה ב-3 ביוני1162.
תומאס כארכיבישוף
בניגוד לציפיותיו של הנרי, מאן בקט לשתף עמו פעולה באשר לתפקיד הכנסייה באנגליה. בקט נטש לחלוטין את סגנון חייו הקודם והחל לנהוג באורח חיים סגפני ומתנזר. הוא קיבל את השקפת עולמו של האפיפיוראלכסנדר השלישי, שדגלה בפטור מלא של הכנסייה מכפיפות לכל סמכות שיפוטית אזרחית, וחסינות מוחלטת לרכושה בפני שלטונות המדינה. ההיפוך הדרסטי בהשקפותיו של בקט גרם לשסע בינו לבין המלך, שביקש לחזק את כוח הסמכות של המדינה כלפי הכנסייה, ולהגביר את תלותה בה.
הקרע בין השניים הגיע לשיאו בשנת 1164 בעקבות ניסיונו של הנרי להעביר את חוקי קלרנדון (אנ'), שורה של חוקים שנועדו להגביל את עצמאות הכנסייה, לנתק את הקשר הישיר בינה ובין האפיפיור ברומא, ובעיקר לאכוף חוקים אזרחיים על כמרים שפשעו ועברו על החוק - ולמנוע מהם להתגונן מפני האכיפה בחסות הכנסייה. הנרי זכה בהסכמתם של מספר רב של אצילים והגמונים אנגליים, אולם בקט סירב לאשר חוקים אלה, מה שגרר עימות גלוי ופומבי בינו ובין המלך.
תגובתו של הנרי לחוסר הצייתנות של בקט לא איחרה להגיע, והוא העמיד אותו לדין באשמה של אי ציות לסמכות המלך וניצול לא נאות של סמכויותיו כלורד צ'נסלור. בקט כפר בסמכותו של המלך לשפוט אותו, בהיותו איש כנסייה, ונמלט לסנס בצרפת, שם זכה להגנת האפיפיור אלכסנדר השלישי ושל מלך צרפת, לואי השביעי.
בקט שהה בצרפת כשש שנים, במהלכן המשיך להילחם בחוקי קלרנדון, תוך כדי איום בשימוש בחרם דתי על המלך האנגלי. זה מצדו, רדף משפטית את תומכיו וידידיו של תומאס באנגליה. ביולי 1170, בהשפעתו של אלכסנדר השלישי ולאחר מאמצים דיפלומטיים רבים, נפגשו בקט והנרי בצרפת והתפייסו. בקט הורשה לחזור לאנגליה ולתפוס את תפקידו מחדש. עם זאת, פיוס זה לא הצליח לפתור את המחלוקת הבסיסית בין השנים בנוגע ליחסי הכנסייה והמדינה והמתח בין בקט למלך נשאר על כנו.
ההתנקשות בחייו של תומאס ותוצאותיה
חזרתו של בקט לאנגליה לא הביאה לרגיעה בינו ובין המלך. התסכול הממושך של הנרי מתומאס שהתעמת עמו, הפעם על נושא הכתרת בנו, הנסיך הנרי הצעיר, שלא על ידי בקט אלא על ידי כמרים אחרים אותם הוא נידה, גרם לו להתבטא בפומבי בחריפות נגדו: "מי יפטור אותי מהכומר הטורדני הזה?" מילות ההסתה של המלך ששהה בנורמנדי הובנו כפשוטן על ידי קומץ מאנשי חצרו, שראו בהן הוראה ישירה לנקוט באמצעים אלימים נגד בקט. הם נסעו לאנגליה, שם התנקשו בחיי בקט ורצחוהו בקתדרלת קנטרברי ב-29 בדצמבר1170. ייתכן שהנרי התכוון שכך יקרה, אך בהמשך - בעקבות השערורייה שפרצה, בחר להכחיש זאת; ואולם, הדעה הרווחת בין רוב ההיסטוריונים היא שהנרי מעולם לא התכוון להורות על רציחתו של בקט. מקרה זה נחשב למקרה הראשון בהיסטוריה של טרור סטוכסטי.
היו אשר היו כוונותיו של הנרי, האבירים רג'ינלד פיצורס, יו דה מורביל, ויליאם דה טרסי וריצ'רד לה ברטון, הסיקו מדבריו שיש לרצוח את בקט.
רצח בקט גרם נזק עצום לשלטונו של הנרי. לא זו בלבד שאביריו רצחו את ראש הכנסייה האנגלית, הם עשו זאת בתוך קתדרלה, בנוכחות עדים ובזמן תפילת מיסת הערב. הרצח עורר זעם גדול באנגליה ובכל העולם הנוצרי. כתוצאה מכך הנרי נאלץ לוותר על תוכניותיו לצמצם את זכויות הכנסייה, והסכים לספוג עונש בגין המעשה: מלקות סמליות שניתנו לו על ידי כמרים בטקס מיוחד.
דמותו של תומאס בקט בתרבות המערב
רציחתו של בקט ודבקותו בעקרונותיו עיצבה את דמותו בעיני המאמינים הנוצרים בכל אירופה כקדוש מעונה. הוא הוכרז כקדוש על ידי האפיפיור אלכסנדר וכיום הוא נחשב כקדוש הפטרון של הכמורה הקתולית שאינה נזירית.
מקום קבורתו של בקט היה אחד ממוקדי הצליינות החשובים והפופולריים ביותר באנגליה עד פירוק המנזרים בשנת 1538. מסעי צליינות אלה משתקפים ביצירתו של ג'פרי צ'וסר "סיפורי קנטרברי" שנכתבה במהלך המאה ה-14. סיפור המסגרת של יצירה זו מתאר חבורה מגוונת וצבעונית של צליינים העולים לקברו של בקט.
