בשנת 1952 החליטה ממשלת ישראל להקים יחידה סודית שתעסוק בנושא יהודי ברית המועצות ומזרח אירופה, במסגרת מערך שרותי המודיעין של מדינת ישראל. הוטל עליה להקים קשר ולנסות להגיש עזרה ליהודים שמעבר למסך הברזל ובמדינות שהיו תחת השפעתה של ברית המועצות. בתחילה כונה הגוף ביל"ו ולאחר מכן שונה שמו לנתיב.
נתיב היה, מבחינות רבות, המשך הפעילות של המוסד לעלייה ב' שפעל לפני קום המדינה, ועסק בהעלאת ניצולי השואה מאירופה לארץ ישראל. הקמת נתיב הוטלה על שאול אביגור, שפיקד על המוסד לעליה ב', והוא עמד בראש נתיב 18 שנים.
בשנת 1954 יצא נחמיה לבנון לשגרירות ישראל בברית המועצות כשליח הראשון של נתיב, בכיסוי של נספח חקלאות. אז הונח הבסיס לפעילות נתיב הענפה של יצירת קשרים עם פעילים יהודים וקהילות יהודיות ברחבי ברית המועצות ומזרח אירופה. במשך השנים נשלחו לשגרירות במוסקבה שליחי נתיב בכיסוי עובדי שגרירות. בשנים 1958–1960 כיהן כמזכיר ראשון בשגרירות ישראל במוסקבה לובה אליאב, יוצא המוסד לעלייה ב'. ב-1965 פרסם בשם בדוי את הספר "בין הפטיש למגל" על יהדות ברית המועצות בעת כהונתו.
השלב הראשון של הקשר עם הקהילות היהודיות ברחבי ברית המועצות היה ריכוז פרטים של יהודים אשר ביקשו לעלות לישראל. בהמשך הרחיבו שליחי נתיב את מעגלי הקשר עם פעילים ומבקשי עליה וכן עסקו במשלוח חבילות עזרה וסיוע מהמערב ליהודים במצוקה. תחום נוסף של פעילות נתיב היה שיגור יהודים וישראלים בעלי אזרחות זרה לברית המועצות להפצת ספרות יהודית וישראלית, חומרי לימוד עברית ודפי מידע עדכניים על ישראל.
פעילות שליחי נתיב הייתה מורכבת ואף מסוכנת, לאור המעקב המתמיד של הקג"ב אחר הפעילים היהודיים וגם אחרי עובדי שגרירות ישראל.
לאחר נפילת מסך הברזל ב־1989 צומצמה פעילות "נתיב" ברוסיה, והפכה לגלויה. הסוכנות היהודית ומשרד החוץ החלו לפעול גם הם בברית המועצות ונוצרה כפילות בתחומי הפעילות בין הגופים ואף התגלעה יריבות בין הגופים[2]. בשנת 1991 מונתה ועדת דקל לבחון את המצב ולהמליץ על דרכי הפעולה. המלצות ועדת דקל הוגשו במאי 1992, אך נוצרו חילוקי דעות בפירוש משמעות ההמלצות והמחלוקות בין הגופים רק גברו[3].
עם הקמת ממשלת ישראל העשרים וחמש נשקלה העברת לשכת הקשר לאחריות משרד החוץ ואף סגירתה, אולם היריבות בין ראש הממשלה יצחק רבין לשר החוץשמעון פרס מנעה את המהלך שכלל העברת סמכויות מאנשי רבין לאנשי פרס. בספטמבר 1992 מינה רבין את יצחק חופי לבדוק את פעילות לשכת הקשר ולהמליץ האם יש מקום להמשך פעילות של לשכת הקשר במתכונתה הנוכחית או במתכונת אחרת. אריה שומר סייע לחופי במגעיו עם הגורמים השונים ובניסיון להגיע לפשרה[4]. חופי הגיש את המלצותיו בפברואר 1993[5].
בנובמבר 1993 קבע מנכ"ל משרד ראש הממשלה את תחומי האחריות של נתיב:
איסוף מידע על מצב היהודים בחבר המדינות.
מערכת החינוך הפורמלי.
הכשרה מקצועית.
ביולי 1994 עדכן מנכ"ל משרד ראש הממשלה את החלטתו וקבע:
א. "פעילות תנועות נוער ציוניות מהמערב בחבר המדינות – באחריות הסוכנות היהודית".
ב. "פעילות תנועת נוער ישראליות בחבר המדינות – אחריות נתיב במרכזים הישראלים".
ג. "בתי ספר יום א' – באחריות נתיב ומשרד החינוך כחלק מן המערך החינוכי הכולל".
ה. "שיעורי עברית למבוגרים – הסוכנות היהודית ונתיב ימשיכו, כל אחד, במתן שיעורי עברית במסגרותיהן. צוות משותף לסוכנות, לנתיב ולמשרד החינוך יטפל בהכשרת מורים מקומיים לעברית".
ו. "לגבי תוכנית נעל"ה, כזכור סוכם כי הסוכנות תהיה אחראית על התוכנית המאוחדת (נעל"ה - 16) כאשר נתיב שותף להפעלת התוכנית, יחד עם כל שאר הגורמים".
דו"ח של מבקר המדינה לשנת 1996 קבע ש"נתיב המשיכה בפעילויות, אשר לפי החלטות המנכ"ל (ראו לעיל) הן בתחום הסמכות והאחריות של הסוכנות או של משרד החוץ, כגון: מערך ייעוץ לעולים, מחנות נוער (קיץ וחורף), תנועות נוער, סמינרים ומועדונים. כל הפעילויות האמורות התקיימו במקביל עם הסוכנות ובאותם מקומות יישוב, ויצרו כפילויות"[6].
ב-22 ביולי 2007, קבעה ממשלת ישראל, כי ארגון "נתיב" יפעל במרחב ברית המועצות לשעבר, לצורך הגברת הקשר והזיקה של יהודים וזכאי חוק השבות למדינת ישראל ולציונות, ויסייע בעלייתם ארצה, באמצעות בדיקת זכאותם לעלות מתוקף חוק השבות[7].
בנוסף לבדיקה והמלצה על הזכאות לעלייה ולהנפקת אשרות עלייה, ובהתאם לכך במרחב ברית המועצות לשעבר ובמדינות מזרח אירופה, מאז ראשית שנות התשעים של המאה הקודמת, מפעיל נתיב תשעה מרכזי תרבות[8]. מרכזים אלה פועלים מתוקף הסכמים בילטראליים בין מדינת ישראל למדינות המרחב, בחסות הנציגויות הדיפלומטיות במוסקבה, סנקט פטרבורג ונובוסיבירסק (רוסיה), בקייב, דניפרו (לשעבר דניפרופטרובסק), אודסה וחרקוב (אוקראינה), בקישינב (מולדובה) ובמינסק (בלארוס)[9].
בהיותם הגורם הישראלי-ממלכתי היחיד הפועל במרחב ברית המועצות לשעבר, לצורך חיזוק זיקתם של היהודים וזכאי חוק השבות, למדינת ישראל ולציונות, מרכזי התרבות הישראליים משמשים כחלון וכגשר המייצגים את מדינת ישראל, את תרבותה ושפתה, את הישגיה המדעיים ואת ההיסטוריה והמורשת שלה לכלל אזרחי מדינות המרחב, ובתוכם גם לקהל זכאי חוק השבות, במטרה להכיר להם מקרוב את מדינת ישראל המודרנית[10].
בין השנים 2009–2020 הוקמו עשרות שבטי צופים יהודים ברחבי ברית המועצות לשעבר[11] כחלק מפעילות מרכזי התרבות הישראליים של נתיב ובמסגרת פעילות צופי צבר, הפעילות נקראה "צופים נתיב"[12] ובמשך השנים התקיימו טיולים, מחנות קיץ וחורף, הכשרות וסמינרים[13][14][15][16], וכן גם משלחות לישראל או משלחות מתנועת הצופים העבריים בישראל למחנות הקיץ במדינות ברית המועצות לשעבר[17].
בספטמבר 2013 התפרסם דו"ח חריף של מבקר המדינה על ארגון נתיב. בדו"ח נמתחה ביקורת על אי סדרים כספיים, בזבזנות ואף עריכת פעילויות שעלולות לעודד ירידה מישראל במקום לעודד עליה[18].
במאי 2015 קיבלה ממשלת ישראל החלטה כי השר זאב אלקין יופקד על הארגון. במאי 2016 קיבלה ממשלת ישראל החלטה כי השרה סופה לנדבר תופקד על הארגון.
עקב מקרה רצח שבוצע בשנת 2009 על ידי עולה חדש מרוסיה, הובעה ביקורת על "נתיב" על כך שהעניק אשרת עלייה לאדם שביצע שוד. שליחי "נתיב" אמורים לראיין כל מועמד ולוודא שאין להם עבר פלילי[19].
באוקטובר 2020 נחשף בתוכנית המקור שרבים מהקונסולים שמינה הארגון במדינות חבר העמים הם פעילים פוליטיים של מפלגת "ישראל ביתנו". כמו כן התגלו כשלים בבדיקת זכאים לעלייה והתברר שאלפים קיבלו דרכון ישראלי בלי רצון להשתקע בארץ[20]. באותה תוכנית נמתחה ביקורת על המכרז שבסופו מונתה נטע בריסקין לראש הארגון.
ב-1956 הוקמה בנתיב יחידה נפרדת בשם בר שפעלה במערב אירופה, ארצות הברית ודרום אמריקה כדי לגייס דעת קהל, יהודית ולא יהודית, למען מתן זכות עלייה לישראל מברית המועצות ליהודים הרוצים בכך. שליחי בר יצאו לבירות שונות במערב, בכיסוי של עובדי שגרירויות ישראל, על מנת להניע גורמים שונים להשמיע קולם למען יהודי ברית המועצות, תוך הקפדה מרבית שלא להתערב בענייניה הפנימיים של ברית המועצות. לפעילות גויסו אישים ידועים בכל תחומי המדע הספרות האמנות המדיניות ועוד. אורגנו עצרות והתכנסויות למען זכותם הבסיסית של יהודי ברית המועצות לעלות לישראל ולהתאחד עם קרוביהם.
באמצעות השכנוע של שליחי בר העבירו חברי קונגרס בארצות הברית ב-1975 את תיקון ג'קסון-ואניק. תיקון זה, בתמיכתו של סנטור יוברט האמפרי, התנה את המשך הסחר האמריקאי עם ברית המועצות במתן יציאה חופשית לישראל ליהודי ברית המועצות.
בנוסף, הוקמו ועדי פעילות יהודיים למען יהודי ברית המועצות, על ידי בר, בארצות הברית מערב אירופה דרום אמריקה ואוסטרליה. בשנת 1987, עם נפילת המשטר בברית המועצות בעקבות תהליכי הגלאסנוסט והפרסטרויקה, הפסיקה יחידת בר את פעילותה, לאחר שהושגו מטרותיה.
^אף על פי שעל פי דו"ח מבקר המדינה היא מעולם לא הוגדרה כיחידת סמך. ראו מבקר המדינה, מעמדה של נתיב במנגנון הממשלתי, דו"ח על הביקורת ב"נתיב"-לשכת הקשר 3 במאי 1998, עמ' 14.
