מאזור גבעת גזית הנחל יורד לאט לאט לכיוון דרום מזרח דרך רמות יששכר שבהן יש אבני בזלת. כמה קילומטרים ממזרח למושב מולדת מעמיק הנחל, ומדרונותיו באזור זה אינם מעובדים. אזור זה, הנכלל בשמורת נחל יששכר, משמש המשך רציף לשמורת נחל תבור הצמודה אליו. חלקו התחתון של הנחל, המצוי מחוץ גבולות השמורה, עובר בעמק הירדן עד לנהר הירדן ושם הוא מסתיים ונשפך לירדן (כ-2 ק"מ מדרום מזרח לבית יוסף).
לאורך הנחל יש כמה מעיינות, שהגדול שבהם הוא עין יבלה שנקרא כשם היישוב הערבי יוּבְּלָא (ער') שהיה במקום עד שנת 1948. ספיקתו כ-80 מ"ק מים בשעה, ובאפיק לידו בנוי סכר האוגר את עודפי מי המעיין ואת מי השיטפונות של נחל יששכר (הנקרא מאגר יובלה).
בנחל זיקה, ליד מפגשו של נחל זה עם נחל יששכר, נובע עין יששכר המזרים מים אל נחל יששכר.
אתרים
בשמורת נחל יששכר יש מספר אתרי עתיקות, הבולטים שבהם הם תל יששכר (בצידה המזרחי של השמורה) וחורבת גבול. אתרים נוספים כוללים את חורבת קיטה, חורבת יחמי, חורבת שחוח, חורבת יוב, חורבת סידרה וחורבת סהר.
כ-200 מ' מדרום למעיין יובלא נראים שרידי הכפר הערבי הנטוש יובלא, ובו שרידי מבנים מהתקופה הרומית-ביזנטית.
לאורך הנחל גם כמה אתרים עתיקים (בהם תל דבו ותל יששכר), המראים כי בעת העתיקה עבר בנחל נתיב תחבורה חשוב.
בנחל יששכר ובשטחי הרמה שמשני עבריו חיים מאות צבאיים ואפשר לראותם לפעמים.
ב-12 ביולי2019 נשרפו כ-10,000 דונמים משמורת נחל יששכר, מתוכם כ-3,000 דונם השייכים למושב מולדת.
מסלולים באזור הנחל
מסלול רגלי נחל יששכר
תחילת המסלול, בצידו המערבי הוא במושב מולדת. המסלול יורד מזרחה לאורך האפיק הרחב של נחל יששכר ההולך ונעשה קניוני. המסלול בחלקו באפיק הנחל וחלקו לאורך דרך עפר שלאורך גדות הנחל. באפיק גדלה צמחיית נחלים אופיינית. לאחר כ-3.5 ק"מ, במפגש עם הדרך העולה לכוכב הירדן ממשיך המסלול מזרחה. המסלול חשוף ברובו ומסתיים בחוות דשן ליד קיבוץ גשר ותחנת הרכבת הישנה בית יוסף.
מסלול המתאים להליכה רגלית או לנסיעה ברכב
הנחל עובר בליבו של הגליל התחתון המזרחי ומנקז את רמות יששכר. המסלול מתחיל מגבעת המורה וממשיך במתינות על גב שלוחת צבאים ומגיע לפתחו של נחל יששכר בואך כביש 90.
לאורך הדרך יש נקודות תצפית מרהיבות, שלטי הסבר, חורשות ומקבצי נטיעות. אורך המסלול כ-25 ק"מ ואפשר לחלקו למקטעים. בימים חמים מומלץ לעשותו ברכב. ניתן להיכנס לדרך כביש 65 ממערב לגבעת המורה, מכביש מולדת – רמת צבי ומכביש 71 דרך הכניסה לפארק תעשייה רמת צבאים או מקיבוץ בית השיטה.
