לאחר שנתיים בפראג, נסע ללמוד באוניברסיטת ברסלאו. לאחר חמש שנים בברסלאו השלים את ספרו "המסות הגדולות" (1794) על מקומות מוקשים בדברי התלמוד, ובשנת ה'תקנ"ו (1796) הדפיס את ספרו "העוין" המבאר את דברי הספר "בחינות עולם". לפי דעתו עלה הספר "בחינות עולם" באיכותו על כל ספרי בני דורו, ולכן התאמץ להכניס בפירושו בדברי הספר, עקרונות חשובים מספרי הרמב"ם והסברים לפסוקי תנ"ך. לעיתים אין פירושיו מתקבלים בכוונת רבי ידעיה הפניני, אך ניתן לעמוד מהם על היקף ידיעותיו של קוניץ כבר בגילו הצעיר.
בשנים הבאות החל לעמול על חיבוריו לתולדות גדולי ישראל: "מעשה חכמים", שמחברתו הראשונה עסקה בתולדות בית רבי (וינה 1805); ו"בן יוחאי", לתולדות רבי שמעון בר יוחאי וביאור מאמריו בכל ספרות חז"ל (וינה 1815). תוך כדי עבודתו על ספרים אלו, החל שמו להתפרסם, סוחר עשיר מעיר הולדתו בשם ר' שלמה הכהן השיא לו את בתו, והוא הצטרף לעסקיו של חמיו, אך את שעות הערב הקדיש להמשך מחקריו וכתיבת חיבוריו. למרות היותו סוחר, התפרסם שמו בין אנשי תנועת ההשכלה היהודית כידען ומלומד בתחומו. שמשון בלוך נטל ממנו "הסכמה" לתרגומו לספר "לתשועת ישראל" של מנשה בן ישראל.
ב-1815 הדפיס את ספרו "בן יוחאי", בספרו זה יצא נגד טענות בקרב החוקרים, ביניהם גם רבנים כמו רבי יעקב עמדין במטפחת ספרים, בדבר היות ייחוסו של ספר הזוהר לרשב"י שגוי. קוניץ האריך להוכיח שאכן רבי שמעון בן יוחאי הוא מחברו של הספר. כתגובה לספר זה חיבר שלמה יהודה רפפורט (שי"ר) את ספרו "נחלת יהודה".[2]
מצבו הכלכלי התדרדר, ובשנת 1817 כבר גר בווינה ומצבו הכלכלי היה בשפל. לבקשת הקהילה היהודית בברלין, כתב מאמר בנושא השינויים בתפילות. המאמר, שנדפס בספר הרפורמי "נוגה הצדק"[3] (דסאו 1818), לצד מאמרו של הרב אהרן חורין שהואשם כסוטה ופוקר, גרם לביקורת עליו בעולם התורני אך עשה רושם טוב בחוגים המתקדמים.
עם שובו מווינה התמקדה עבודתו התורנית בהכנתם לדפוס של כתביו ההלכתיים. ב-1820 הדפיס את החלק הראשון של ספרו "המצרף" ובו 128 תשובות הלכתיות בנושאים שונים. בין פסקיו והנחיותיו נמנו כמה שנתפסו כמתקדמים ורפורמיסטיים: 1. היתר אכילת קטניות בפסח ליהודים ששירתו בצבא נכרי. 2. איסור למוהלים שאינם בעלי הכשרה רפואית לבצע ברית מילה.[4] 3. חובה ללמוד את התנ"ך עם מפרשי הפשט ובדקדוק עברי. 4. עודד את הקהל היהודי להשתמש בשם משפחה, כדי להיות כאחד האדם. בעוד רבנים אחרים התנגדו לתוספת זו.[5][6]
בנו, רבי שלום קוניץ הדפיס את חלקו השני של ספר "המצרף" לאחר פטירת אביו.
חיבוריו והיחס אליו
תולדות רבינו הקדוש
בשנת ה'תקס"ה הוציא לאור את חיבורו "מעשה חכמים", שמחברתו הראשונה "בית רבי" עסקה בתולדות רבי יהודה הנשיא ותלמידיו.[7] בדפוס וילנה הדפיסו את המחברת בראש הכרך הראשון של המשניות, תוך העלמת שם המחבר, ורק כתבו שהמחברת הועתק מספר בית רבי.[8] יש שכתבו שמפני דעותיו הוסתר שמו[6] ויש שכתבו שדבריו הובאו מחוסר ידיעה על דעותיו.[9] ברוב המהדורות החדשות של משניות וילנא הושמט המאמר.[10]
דברים אחדים בחיבור עוררו התנגדות לחיבור, כמו שבחיו לתרגומי משה מנדלסון.[11]
רבי ראובן אליצור העיר על מה שכתב שהמערה מבית רבי נמשכה עד בית הקיסר בעיר רומי, בניגוד לפרשנות המקובלת שהמערה נמשכה עד בית אנטונינוס בטבריה. לדעתו, הדברים נכתבו במטרה לגרום לקוראים ללעוג על דברי חכמים, שכן הימשכות המערה עד לרומי מעוררת תמיהה, והוא מגדיר את מדפיסי ספרו כמעמידים "צלם בהיכל".[12][13] הרב מאיר מאזוז הגן על דבריו.[14]
בן יוחאי
בה'תקע"ה הדפיס את ספרו בן יוחאי, בו הוא מאריך להוכיח את ייחוס ספר הזוהר לרבי שמעון בר יוחאי, ויוצא בו נגד טענות החוקרים בדבר היות הייחוס שגוי. בין השאר, תחת השם "מענות ומטפחות" הוא מקדיש את השער השביעי שבספרו, להגיב לדברי היעב"ץ במטפחת ספרים בו הוא שלל את הייחוס לרשב"י. כתגובה לספר זה חיבר שלמה יהודה רפפורט (שי"ר) את ספרו "נחלת יהודה".[2]
כשראה החתם סופר את הספר ואת הטענות על רבי יעקב עמדין, התבטא ואמר "ערבים עלי דברי דודים שבספר מטפחת ספרים, ממענות הבן יוחאי".[15] אימרה כעין זו מיוחסת לרבי ישראל מרוז'ין שאמר "טובים לי הקושיות של הרב ר' יעקב עמדנער ז"ל מהתירוצים של המחבר הזה".[16] בגרסה אחרת מובא שרבי צבי הירש מזידיטשוב אמר: "טובים לי השגותיו של הגאון היעב"ץ נגד הזוהר מסנגוריה של רבי משה קוניץ בעד הזוהר".[17]
כך גם השואל ומשיב יוצא נגד המחבר ומצדיק את דברי היעב"ץ ותוקף את דברי הבן יוחאי וכך הוא כותב: "והנה בא אחד מפטפט אשר אמר להשיב עליו באין מליץ יושר... לא כן המפטפט הנ"ל אשר כל מגמתו היה אך למען יתפאר בחכמתו כי גם בסתרי קודש ידע, וכאשר לא מצאה ידו די השב, אמר כי רוח אחרת בספר הזוהר וחולק על משנה ותלמוד כאשר יבואר לפנינו, וחלילה חלילה להאמין בדת אל בדברים כאלה אשר אין להם שחר".[18]
לעומת זאת רבי עקיבא אייגר מביא מספרו בן יוחאי עדות על המהר"ל ללא הסתייגות[19]רד"ץ הילמן טען שהרב אייגר השתמש בספרו כמקור ולא כספר קודש.[20] וכן רבי חיים פלאג'י לגבי השאלה האם צריך או ראוי להתנענע בתפילה הוא מפנה לעיין בספר בן יוחאי, תוך שהוא מכנהו "הגאון הרב בן יוחאי".[21] כך גם רבי חנוך זונדל בעל ה"עץ יוסף", בהקדמתו על העין יעקב, מצטט ללא הסתייגות מספר 'העוין' לרבי משה מקוניץ,[22] בהמשך הוא בוקר על כך על ידי הרב יעקב חיים סופר.[23] גם בספרי גדולי יהדות מורוקו ותוניסיה הביאו מדבריו ללא פיקפוק.[24]
רבי ישעיה אשר זליג מרגליות סיפר על רבו רבי אברהם שמחה הורוביץ שהיה רגיל בכל ל"ג בעומר ללמוד בספר בן יוחאי.[25]
רבי יקותיאל אריה קמלהאר סיפר שראה בביתו של רבי יהושע מדז'יקוב את ספר 'המצרף' מרבי משה מקוניץ, עם הערות שכתב עליה אביו רבי מאיר מדז'יקוב, לשאלת הרב קמלהאר הייתכן להחזיק ספר מכזה מחבר, השיב רבי יהושע שאביו אמר: "כדאי הוא זכותו מה שטרח לתרץ וליישב את כל השגות הריעב"ץ על הזוהר הקדוש, וחיבר לתכלית זו את ספרו 'בן יוחאי'. בזכות זו ראוי הוא להיות בבית מדרשו, לעיין בו, ולכתוב עליו הערות".[26][27]
רבי חיים פלאג'י הפליג בשבחו וכותב עליו "ועיין לגדול הדור האחרון הרב בן יוחאי נר"ו".[28][29]
הרב ראובן מרגליות הראה שהמחבר זייף והוסיף על דברי היעב"ץ בכדי להגדיל את ההשגות,[30] רבים ביקרוהו על רמת הכתיבה הנמוכה.[30][2][31]
היו שדחו את הביקורות נגדו וטענו שדינו ככל רב אחר שטעה פעם או שניים.[32]