עקב אופן הרכבת הממשלה, נוצרה מערכת בלמים ואיזונים לכוחן של שתי המפלגות. תיקי האוצר והחקלאות, תיקים כלכליים, היו בידי המערך, אך שאר התיקים הכלכליים היו בידי הליכוד. תיקי החינוך והבריאות, תיקים חברתיים, היו בידי המערך, אך תיק העבודה והרווחה - התיק החברתי החשוב ביותר - היה בידי הליכוד. תיקי הפנים והדתות לא היו בידי המערך ולא בידי הליכוד.
ציוני דרך ומדיניות
בממשלה היו מחלוקות רבות הן בנושאי דת ומדינה, הן במדיניות הביטחונית והן בסוגיות הכלכלה והרווחה. המערך תמך ביוזמות הידברות עם הפלסטינים, בכלכלה סוציאליסטית, בפירוק ההתנחלויות ונחשב חילוני יותר. לעומתו, הליכוד סירב להידברות, תמך בכלכלה קפיטליסטית-ליברלית, יישוב יש"ע ונחשב מסורתי יותר. ש"ס והמפד"ל תמכו כל אחת במדיניות כלכלית ומדינית שונה, אך היו נחושות בטיפוח הישיבות והתרבות התורנית.
אירועים שאירעו בסמוך לכהונת הממשלה
מספר אירועים אירעו בסמוך לכהונת הממשלה ולא בעת כהונתה, אך השפיעו עליה ועל עבודתה:
13 בדצמבר1988 - יאסר ערפאת נאם בעצרת מיוחדת של האומות המאוחדות שהתכנסה בז'נבה, סימן נוסף של הכרה בינלאומית באש"ף. ישראל, מצידה, המשיכה לא להכיר באש"ף כנציג העם הפלסטיני.
אירועים מרכזיים בכהונת הממשלה
לאורך כל כהונת הממשלה נמשכה האינתיפאדה הראשונה, שהתחילה בשלהי שנת 1987. מקרים כמו דרדור אוטובוס קו 405 מתל אביב לירושלים ורציחתם של 16 מנוסעי האוטובוס וכן פיגוע ירי בשומרון (שלמעשה אירע יום לפני הבחירות אך השפיע על תוצאותיהן ועל הציבור במידה ניכרת) ערערו את תחושת הביטחון העצמי. הממשלה ניסתה להתמודד עם המצב בעיקר באמצעים ביטחוניים.
בשנת 1988 ניתנו לראשונה הרשאות לחברות כבלים. כל החברות היו אזוריות ולא יכלו להתאגד (עד יצירת HOT בסוף שנות ה-90). ערוץ שתיים החל בשידורים ניסיוניים.
ניהול העניינים המדיניים
ישראל סירבה למשא ומתן עם אש"ף, ועל פי החוק אותם הימים נאסרה אף הידברות יחידים עם אש"ף או עם חבריו. ב-15 במאי1989 הכריזה הממשלה על יוזמת שלום, שכללה עריכת בחירות לפלסטינים ביש"ע ותחילת שיחות עם הפלסטינים מהשטחים, כל זאת ללא הכרה בהנהגת אש"ף שישבה מחוץ לשטחים. האינתיפאדה ופעילויות הטרור נמשכו. מצדו השני של המתרס, הצד היהודי הקיצוני גם החל בפעולות ובהפגנות. כמו כן נמשכה המחלוקת בין חלקי הקואליציה בנושא ההתנחלויות. ב-31 בדצמבר1989 פיטר רה"מ שמיר את השר עזר ויצמן לאחר שנתגלה כי ניהל שיחות עם אנשי אש"ף מה שכאמור היה אסור אז בחוק. הפיטורים חוללו משבר קואליציוני שאיים על המשך כהונת הממשלה. רגע לפני שהפיטורים נכנסו לתוקף הושגה פשרה לפיה ויצמן נותר בממשלה אך הוצא מהקבינט המדיני והממשלה החזיקה מעמד עד שנפלה ב"תרגיל המסריח"(להלן).
במהלך שנת 1990, שנה וחצי אחרי הקמת הממשלה, שלח שר האוצר פרס את סגנו יוסי ביילין לשיחות חשאיות עם החרדים במטרה להפיל את הממשלה בהצבעת אי אמון ולהרכיב ממשלת שמאל-חרדים. כמו כן, פרס דאג לניהול שיחות חשאיות עם הערבים ושאר סיעות השמאל שיתמכו בממשלתו. אחרי שהחרדים הסכימו סופית, הגישה סיעת המערך הצבעת אי אמון בממשלה. בעקבות זאת, פיטר יצחק שמיר את שמעון פרס מהממשלה ושאר שרי מפלגת העבודה התפטרו מהממשלה. ב-15 במרץ1990 נפלה הממשלה בהצבעת אי אמון.
הממשלה מנתה עם כינונה 26 שרים: 11 מהליכוד, 11 מהמערך, 2 מש"ס ו-2 מהמפד"ל. בפברואר 1990 התפטר אריאל שרון ובמקומו מונה דוד מגן. ב-15 במרץ 1990, בעקבות התרגיל המסריח, פוטר שמעון פרס ועשרת שרי המערך האחרים התפטרו, ובממשלה שכיהנה כממשלת מעבר נותרו 15 שרים.