קגנוביץ' נחשב בצמרת הסובייטית כמארגן מעולה וככזה מילא תפקידים רבים. בין 1944-1935 הוא היה הקומיסר העממי לתחבורה ובו-זמנית מילא בין 1937-1942 תפקידים נוספים, ביניהם הקומיסר העממי לתעשייה הכבדה, לתעשיית הדלק, ועוד.
בפרוץ מבצע ברברוסה, מערכת הרכבות הסובייטית הייתה צריכה לספק רבבות קרונות וקטרים לפינוי למזרח של מפעלי תעשייה על מיליוני עובדיהם עם משפחותיהם, זאת במקביל למילוי צורכי הצבא ותיקון מסילות וגשרים שנפגעו קשה בהתקפות חיל האוויר הגרמני. במציאות מורכבת זו, בעיקר במחצית השנה הראשונה למלחמה, ולמרות מחסור בקרונות וקטרים, הקומיסריאט לתחבורה בראשותו של קגנוביץ' עמד במשימה.
אחד הגורמים המרכזיים בעמידת הצבא האדום מול כוחות גרמניה הנאצית היה פינוי התעשייה הצבאית מהשטחים שהגרמנים כבשו עד שלהי 1941. כ-80% מתעשייה זו היו ממוקמים בשטחי ברית המועצות אותם כבשו הנאצים והחלק הגדול פונה. פעולות אלו נזקפות במידה רבה לזכותו של קגנוביץ': מאוקראינה פונו 419 מפעלי תעשייה, תחנות חשמל ועוד, ביניהם מפעלים ענקיים בהם עבדו אלפי פועלים; הפינוי הקיף גם מפעלי תעשייה מאזורי מוסקבה ולנינגרד. בסך הכל פונו בחודשי יולי-נובמבר 1941, 1523 מפעלי תעשייה, מהם 1360 מפעלי תעשייה צבאית. אותם מפעלים הועברו מזרחה, ברובם לאזורי הוולגה, להרי אורל, לסיביר ולאסיה התיכונה.
היקף הפינוי של הציוד והאנשים הצריך כ-5 מיליון קרונות רכבת. כ-12 מיליון אנשים פונו עד סוף 1941, מספר הכולל גם מאות אלפי מפונים ממוסקבה ומלנינגרד. בזכות הפינוי, הספיקו יהודים רבים לעזוב את השטח בטרם נכבש על ידי הנאצים, וכך להינצל מציפורני מכונת ההשמדה הנאצית.
קגנוביץ' היה חבר הפוליטביורו היהודי שמילא את התפקידים הבכירים ביותר בעת שלטונו של סטלין.
סוף דרכו בהנהגה הסובייטית
ב-1949 פרץ גל של אנטישמיות נגד היהודים בברית המועצות, והנ.ק.ו.ד. החל לרדוף פעילים יהודיים בכל הדרגים. גם קגנוביץ' נפגע מגל זה, הגם שנותר עדיין חבר בפוליטביורו הסובייטי. הנ.ק.ו.ד. שקל לחקור אותו, אך סטלין סירב לכך.
לאחר מותו של סטלין היה קגנוביץ' חבר בצמרת המפלגה הקומוניסטית, אך כשנבחר חרושצ'וב למזכיר הכללי ב-1957, הואשם קגנוביץ' בחברות בקבוצה אנטי-מפלגתית והודח מתפקידיו הבכירים. לאחר הדחתו הוא נשלח לעיר אסבסט לנהל שם תשלובת מפעלים להפקת אזבסט. בשנת 1961 הופסקה בהוראת חרושצ'ב חברותו של קגנוביץ' במפלגה הקומוניסטית.
קגנוביץ' שב למוסקבה רק אחרי הדחתו של חרושצ'ב מהנהגת ברית המועצות. הוא התגורר בבית יוקרה וקיבל גמלה מכובדת בהתאם למעמדו בימי סטלין. הוא נפטר בגיל 97, חמישה חודשים לפני התפרקות ברית המועצות ב-1991.
ב-1987 יצא בארצות הברית ספר מאת סטיוארט קהאן, שטען כי הוא אחיינו של קגנוביץ' וראיין אותו מספר פעמים. סטיוארט קהאן האשים את דודו-לכאורה ברעב באוקראינה, בשותפות להטיהורים הגדולים של ראשי הצבא והמפלגה ב-1937 ובתכנון הפתרון הסופי ליהודים ומשפט הרופאים. בני משפחת קגנוביץ' כפרו בכל האישומים הללו, וטענו שקהאן אינו קשור למשפחתם ומעולם לא ראיין את לזר.
משפחתו
לזר קגנוביץ' היה נשוי למריה פריבורוטסקי (1894 - 1961). לזוג הייתה בת ביולוגית אחת - מאיה (1923 - 2001) ובן מאומץ יורי (1931 - 1976). הבת מאיה הוציאה לאור בשנת 1997 ספר זיכרונות של לזר קגנוביץ'. היא מעולם לא נישאה ולא היו לה ילדים. לבן המאומץ יורי היו 2 ילדים.
ארבעת האחים של לזר קגנוביץ' עסקו בפעילות מהפכנית בתקופת השלטון הצארי ולאחר מהפכה קומוניסטית מלאו תפקידים בכירים בברית המועצות:
מיכאל קגנוביץ' (1888 - 1941) - שר התעשיות הביטחוניות ולאחר מכן שר התעשייה האווירית של ברית המועצות. התאבד מחשש להיעצר על ידי הנ.ק.ו.ד.
יולי קגנוביץ' (1892 - 1962) - פקיד בכיר במשרד התעשייה והמסחר, שגריר ברית המועצות במונגוליה.
ישראל קגנוביץ' (1884 - 1973 ) - שר תעשיית החלב והבשר.