רופא העירייה של ירושלים, ד"ר כמאל ביי אל חוסייני, קרוב משפחה של המופתי הירושלמי, הנפיק לאמה של כגן תעודה שאסור לה לנסוע עקב סיבות בריאות. בזכות טענה רפואית זו הצליחה כגן להישאר בירושלים בפרוץ מלחמת העולם הראשונה, כשללא מסמך זה הייתה מגורשת עם אמה לרוסיה. בנוסף, נתן לה אל חוסייני הלוואה של 100 נפוליאונים למשך שמונה חודשים. ההלוואה נעשתה בצורת בקשה שכגן תשמור לו על הכסף.[1]
בפרוץ מלחמת העולם הראשונה הרשויות לא התירו לכגן לעבוד כרופאה. בין 1914–1916 היא עבדה כאחות בבית החולים העירוני. כמו כן היא הכשירה בתקופה זו נערות יהודיות וערביות לעבודה כאחיות. היא גם עבדה עם אחיות ציבור שנשלחו על ידי ההסתדרות הציונית הדסה (הסתדרות הנשים הציוניות באמריקה) להקמת תוכנית מלווה לטיפול באם וביילוד.
בקיץ 1914, לפני כניסת טורקיה למלחמת העולם הראשונה, באו לארץ קצינים גרמנים כדי לסייע לטורקים במלחמתם נגד הבריטים במצרים; לשם כך גויסו לשירות צבאי רוב הרופאים היהודים, ובירושלים נשארו לפעול הרופאות הלנה כגן ומרים נופך.[2]
כגן המשיכה להעניק טיפולים רפואיים מביתה, וסייעה לפתור בעיות תת-תזונה אצל תינוקות. היא השיגה פרה, ונתנה את החלב לילדים חולים שהגיעו למרפאתה. עם השנים רכשה כגן את אמון הקהילות היהודית והערבית, חרף היותה אישה, צעירה וחסרת ניסיון.
ב-1917 גויס ד"ר אלברט טיכו לצבא הטורקי-גרמני-אוסטרי, כקצין מילואים וכרופא עיניים, ושירת תקופה של כשנתיים בדמשק. בתקופה זו העביר את מרפאתו ואת הציוד שבה לידי כגן. היא הפכה את בית החולים לבית החולים היהודי הראשון בארץ ישראל לטיפול בילדים, באמצעות תקציב דל שקיבלה מ'המשרד הארצישראלי'.
ב-1919 עבר בית החולים לילדים לבית החולים מאיר רוטשילד (גלגולו הראשון של מרכז רפואי הדסה). כגן ניהלה את מחלקת הילדים עד 1925. במקביל המשיכה לקבל ילדים חולים אצלה בבית, וייסדה מרפאות טיפת חלב מטעם ויצו, הראשונה שבהן ברובע היהודי ב-1921. במרפאות טיפת חלב היא נתנה הדרכה לאימהות כיצד לטפל בילדיהן, על רקע קשיי החיים בירושלים.
כגן הקימה את מחלקת הילדים בארגון ויצו, עמדה בראש המחלקה עד 1966, והייתה חברת הנהלת ויצו העולמי.
ב-1924 הקימה כגן בית יתומים בשכונת שערי חסד, והייתה המנהלת הרפואית במקום. ב-1925 התחילה לעבוד גם במעון לילדים ערבים בעיר העתיקה - שם הייתה המנהלת הרפואית עד 1948, כשנאסר על היהודים להיכנס לחלק זה של העיר.
במהלך המצור על ירושלים במלחמת העצמאות מונתה כגן לאחראית של המחלקה הרפואית בקהילה היהודית בירושלים, ודאגה לכל המרפאות והמערכות התברואתיות בעיר. עבודתה כללה גם טיפול בפליטים מהשכונות הערביות. היא לקחה תינוקות רבים מאזורי סיכון, ושיכנה אותם בבית התינוקות של ויצו, שנוסד ביוזמתה.
ב-1937 מונתה כחברה בוועד המנהל של האוניברסיטה העברית בירושלים; ב-1965 מונתה לסגן יו"ר הוועד. כגן הייתה פעילה בארגון רפואת הילדים של ירושלים, בתקופת המנדט, ושימשה כיו"ר מ-1926 ועד 1943; כן שימשה בתפקיד זה ב-1951 וב-1958. כמו כן, היא הייתה יועצת בענייני רווחת ילדים במשרד הבריאות בין 1953–1956.
עד שנותיה האחרונות המשיכה ד"ר כגן לקבל מטופלים בביתה.
היא נפטרה חשׂוכת ילדים, באוגוסט 1978, בגיל 89; היא נקברה בחלקת אישי ירושלים בהר המנוחות.[4]
1975 – אות הצטיינות מטעם הכנסת במסגרת שנת האישה הבינלאומית;[8]
1975 – פרס ישראל על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה, על מפעל חיים בתחום הסעד ועל תרומתה לחינוך המוזיקלי ולחיי המוזיקה בארץ.[9]
זיכרונותיה
הלנה כגן, ראשית דרכי בירושלים, תל אביב: ויצו – הסתדרות עולמית לנשים ציוניות, תשמ"ב. (הופיע לזכרה)
Helena Kagan, The Voice That Called, Jerusalem 1978, (printed and published by her nephew Michael Kagan)
Helena Kagan, in: Leone McGregor Hellstedt, Women Physicians of the World: Autobiographies of Medical Pioneers, Washington, DC: Hemisphere, 1978. (באנגלית)
^"רופאיה של ארץ ישראל 1948-1799", נסים לוי, יעל לוי, הוצאת איתי בחור, מרץ 2012, מהדורה שנייה, ערך: אל חוסייני, פחדי חאלדי, עמ' 95
^שפרה שורץ, "קופת-חולים הכללית" - עיצובה והתפתחותה כגורם מרכזי בשירותי הבריאות בארץ-ישראל, מרכז למורשת בן-גוריון, אוניברסיטת בן-גוריון בנגב, תשנ"ז, 1997, פרק שלישי : "קופת-חולים במלחמת העולם הראשונה", פרק משנה : " היישוב בארץ ערב מלחמת העולם הראשונה", עמוד 39