בסרט זה הוחלף לראשונה שחקן שהשתתף בסרטים קודמים בסדרה. מייקל גאמבון תפס את מקומו של ריצ'רד האריס כמנהל בית הספר לקסמים הוגוורטס, אלבוס דמבלדור. האריס נפטר בשנת 2002 בגיל 72 לאחר מחלה, והספיק להשלים את צילומי הסרט הראשון והסרט השני בסדרה.
זהו הסרט הראשון בסדרה בו שפרירה זכאי אינה אחראית על דיבובו לעברית.
ישנם הבדלים בין המבנה של טירת הוגוורטס בסרט זה לבין המבנה שלה בשני הסרטים הקודמים; ראשי המגדלים עברו עיצוב מחדש, התווסף מגדל כלא (שממנו מחלצים הארי והרמיוני את סיריוס בלק) וגשר עץ, המוביל אל המיקום החדש של הערבה המפליקה ושל הבקתה של האגריד שעוצבה מחדש אף היא, וכן חצר נוספת ומגדל שעון.
בסרט מסופר על רוצח מסוכן, סיריוס בלק, שברח מכלא הקוסמים - אזקבאן, לאחר שהיה כלוא שם במשך 12 שנים באשמת רצח חברו פיטר פטיגרו ובתור אוכל מוות ואחד מנאמניו של וולדמורט. החשש הוא שבלק ברח כדי לתפוס את הארי, ויעשה הכול כדי לתופסו.
בהמשך הספר מתגלה כי סיריוס היה חברו הטוב ביותר של אביו של הארי-ג'יימס. ואפילו היה סנדקו של הארי. הארי מגלה כי סיריוס הוא אינו הרוצח וכי האנשים שכביכול נרצחו על ידיו, נרצחו על ידי פיטר פטיגרו, שהוא אנימאגוס ולאחר הרצח המדומה של עצמו הוא הפך לעכברוש ונעלם מהמקום.
בנוסף לכול, הארי חייב להתמודד עם בעיית הסוהרסנים אשר שומרים על בית הספר לאחר בריחתו של סיריוס מאזקבאן, אך משום מה הם משפיעים עליו באופן קשה במיוחד.
בסרט זה מתגלה המורה החדש להתגוננות מפני כוחות האופל, רמוס לופין, עוד חבר טוב של אביו, ובהמשך הסרט מתגלה שלופין הוא איש זאב שמשתנה ללא שליטה בנוכחות ירח מלא. פרופסור לופין עוזר להארי להתגבר על בעיית הסוהרסנים ומלמד אותו לעשות פטרונוס-יצור זוהר שמרחיק את הסוהרסנים, ונותן להארי להתאמן על בוגארט (יצור ללא צורה אשר לובש את הפחדים הגדולים שלך) והפטרונוס של הארי הוא בצורת אייל-החיה שאליה אביו היה משתנה. הארי ותלמידי גריפינדור אהבו את פרופסור לופין אך מכיוון שהיה איש-זאב הוא לא הורשה להמשיך ללמד בהוגוורטס.
בסרט זה רוביוס האגריד מתמנה למורה המלמד על החיות הקסומות. ובעזרת בקביק (היפוגריף) הארי וחבריו מחלצים את סיריוס מהחדר של פליטיק, המורה ללחשים.
עלילת הרקע של "ירחוני, זנב תולע, רך כף וקרניים" אינה מוסברת בסרט. אף שהשמות מוזכרים בתור יוצרי מפת הקונדסאים, לא מוצג הקשר בינם ובין רמוס, פיטר, סיריוס וג'יימס, אך למרות זאת בסרט הרביעי מאוזכר פיטר פטיגרו כזנב תולע ובסרט החמישי מוזכר רך כף כסיריוס בלק.
בסרט רק הארי מפרק מנשקו את סנייפ בצריח המצווח בעוד בספר גם הרמיוני ורון
חלקים רבים מריבם של רון והרמיוני על סקאברס וקרוקשקנס נחתכו מהסרט
הארי נתפס עם מפת הקונדסאים בידי סנייפ לאחר שהוא משוטט איתה בלילה (ומבחין בפטיגרו במפה). בספר הוא נתפס לאחר הביקור השני שלו בהוגסמיד, ואינו מבחין כלל בפטיגרו במפה.
הארי מגלה על כך שבלק הוא סנדקו על ידי ציתות לשר הקסמים, האגריד ומקגונגל בפונדק שלושת המטאטאים. בספר – הארי, רון והרמיוני יושבים בשולחן שממול, אך אלה לא מבחינים בהם, כיוון שהרמיוני הגדילה את עץ האשוח. לעומת זאת בסרט – הם מדברים בעליית הגג של הפונדק והארי עוקב אחריהם מתחת לגלימת ההיעלמות.
בספר הארי שומע על כך שסיריוס בלק ברח מהכלא כדי לסיים את עבודתו ולהרוג אותו (לכאורה) מכך ששמע את שיחתם של אדון וגברת וויזלי וכשאדון וויזלי מחליט לבסוף למרות הבטחתו לשר הקסמים שלא יספר לו והארי אומר שהוא כבר יודע אך בסרט אדון וויזלי מספר לו על כך לראשונה מכיוון שלא צותת לשיחתו עם גברת וויזלי
בסצנת הבוגארט בשיעור ההתגוננות מפני כוחות האופל, הבוגארט של הארי מספיק להופיע לפני שלופין מתערב (ובכך נפסל הנימוק של לופין בספר, לפיו הוא לא רצה שוולדמורט יופיע באמצע השיעור).
לא מוזכרים בספר מתנות היום הולדת של הארי מרון הרמיוני והאגריד
בספר הארי גילה לראשונה בחדשות המוגלגים על בריחתו של בלק אך לא נאמר מהו ומאין ברח, בסרט הוא מתוודע לבלק בפעם הראשונה באוטונוס הקסמים כשהוא מופיע בעיתון "הנביא היומי".
בספר מסופר שהארי קיבל את מטאטא אש המחץ בחג המולד בעילום שם ולאחר מכן גילה שסיריוס שלח לו אותו באמצעות המכתב, בסרט הוא מקבל את המטאטא בסוף השנה יחד עם נוצת היפוגריף (רמז שהמתנה מסיריוס).
בספר סנייפ מופיע פתאום בצריף המצווח בעוד בסרט הוא מופיע משום מקום
כאשר הארי, רון והרמיוני נמצאים בבקתה של האגריד לפני הוצאתו להורג המתוכננת של בקביק, הם מתעכבים שם ושמים לב שהם צריכים להסתלק רק אחרי שאבן שוברת את החלון של הבקתה. מאוחר יותר, כאשר לופין הופך לאדם זאב ותוקף את הארי, נשמעת יללה שמושכת את לופין והוא מסתלק. הן שבירת החלון והן היללה מתבצעים בידי הרמיוני, לאחר שהיא והארי חוזרים בזמן. בספר לא מוזכרים שבירת החלון והיללה.
בספר כתוב על מבחני סוף שנה, בסרט לא מוזכר אף לא מבחן אחד.
בספר גריפינדור זוכה לראשונה בגביע הקווידיץ' לאחר ניצחון גורלי על סלית'רין בפרק שמתואר בארוכות, בסרט הקווידיץ' הושמט לאחר המשחק הראשון של גריפינדור.
בספר הרמיוני נותנת לדראקו סטירת לחי ובסרט היא נותנת לו אגרוף.
