במקום התגלה מסגד מתקופת הממלוכים מהמאה ה-14 שהוקדש לנביא או קדוש מקומי מסוים בשם "נבי טימא". בחצר המסגד ולידו חיקויים של כותרותקורינתיות ועמודי אבן אפורה. שאר המבנה נבנה באבן כורכר מקומית. אין אזכור של בית טימא במקורות ערביים מוקדמים והכתובת על המסגד היא ההקשר הממלוכי היחיד לאומה הערבית.[3]
בית טימא עברה לשלטון עות'מאני בתחילת המאה ה-16, וברישומי המס של 1596 היא נכללה בתת-מחוז (נאחייה) עזה, שהיה חלק ממחוז (סנג'ק) עזה, עם אוכלוסייה של 126 משקי בית מוסלמים, כ-693 נפשות. התושבים שילמו מס קבוע של 33.3% על מספר גידולים, בהם חיטה, שעורה, פירות, שקדים, שומשום, כוורות ועיזים; סך של 21,200 akçe.[4]
במהלך המאה ה-17 והמאה ה-18, לחצים כלכליים וביטחוניים נוודים הובילו לנטישת התנחלויות סביב מג'דל עסקלאן, ומישור החוף הדרומי בכלל. אוכלוסיית הכפרים הנטושים עברה ליישובים ששרדו, בעוד שאדמות היישובים הנטושים המשיכו להיות מעובדות על ידי כפרים שכנים. כך קלטה בית טימא את אדמות סמא, בית סמאן ואירזא, המוזכרות בנפרד ככפרים מיושבים בפנקסי המיסים העות'מאניים של המאה ה-16.[5]
בסקר הכפרים משנת 1945 מנתה אוכלוסיית בית טימא 1060 תושבים, ושטח האדמה היה 11,032 דונם, על פי סקר קרקע ואוכלוסייה רשמי. מתוכם, 197 דונם יועדו למטעים ולקרקעות להשקיה, 10,444 לדגנים,[11] ואילו 60 דונם היו שטחים בנויים.[12]
בתקופת המנדט הבריטי היו לכפר חנויות משלה, מסגד מהמאה ה-14 ובית ספר יסודי שנבנה ב-1946. תושבי הכפרים הסמוכים חולייקאת וכאוכבה למדו גם הם באותו בית הספר. בכפר היו 157 בתים שקובצו יחד בבלוקים, מופרדים על ידי רחובות או שטחים פתוחים; הבלוק הגדול ביותר היה במרכז הכפר. רוב התושבים עבדו בחקלאות, בגידול דגנים, ירקות ופירות, במיוחד תאנים, משמשים ושקדים.[1]
במלחמת העצמאות ואחריה
ב-30 או ב-31 במאי דיווחה חטיבת הנגב כי כבשה את בית טימא.[13]בני מוריס מציין כי מאוחר יותר הוא נכבש מחדש על ידי הצבא המצרי, עד שנפל לבסוף בידי הישראלים באוקטובר.[14]
מקורות ישראליים אמרו ל־Associated Press כי הם כבשו את בית טימא בתחילת יוני. אבל הכיבוש היה קצר מועד, שכן כוחות ישראליים איימו לכבוש את הכפר חודש לאחר מכן, לפי הסופר המצרי מוחמד עבד אל-מונְעֶם. הוא כותב כי בתום ההפוגה הראשונה, בתחילת יולי, הוחזק הכפר על ידי אנשי מיליציה פלסטינית, וכוחות ישראליים התקדמו לעבר הכפר וכבשו את הגבעות המשקיפות עליו. הפלסטינים תוגברו על ידי פלוגה סעודית שנלחמה בחזית הדרומית ובית טימא נשארה כביכול בידיים ערביות לאורך ההפוגה השנייה.[1]
הפצצה אווירית וארטילרית על הכפר באמצע אוקטובר 1948 הביאה לבריחתם של מספר רב של פליטים מבית טימא. היא נכבשה ב-18–19 באוקטובר בשלבים הראשונים של מבצע יואב על ידי חטיבת גבעתי . ה"ניו יורק טיימס" ציטט הודעה ישראלית ב-20 באוקטובר, שבה נכתב כי בית טימא נפלה, יחד עם חולייקאת וכאוכבה.[1][15]
לאחר המלחמה הכפר נכלל בשטח מדינת ישראל, אך אדמות הכפר נותרו לא מפותחות. לדברי ההיסטוריון הפלסטיני וליד ח'אלדי, "עצי שקמים וחרובים צומחים סביב ההריסות באתר. האדמה משמשת לחקלאות".[1]