O seu primeiro papel no cine foi un papel secundario no filme de Woody AllenManhattan Murder Mystery (1993), pero Braff fíxose coñecido en 2001 pola interpretación do doutor John Dorian na serie de televisión Scrubs. En 2004 dirixiu o seu primeiro filme, Garden State, cun presuposto de 2.5 millóns de dólares, recadou 35 millóns e contou con boas críticas[2], ademais de dirixilo escribiu o guión, protagonizouno e compilou a banda sonora que gañou un Grammy en 2005. Protagonizou tamén os filmes The Last Kiss (2006) e The Ex (2007) e puxo a súa voz en Chicken Little. En 2013 participa en Oz: The Great and Powerful, coma voz na versión inglesa de Finley, o macaco voador (Finley the Flying Monkey) e coma Frank, o axudante de Oscar (mago de Oz) no circo.